Перед участниками была поставлена задача последовательно рассмотреть 23 раздела «Вормсской книги», подтвердить согласие с содержащимися в ней формулировками, а в случае несогласия предложить альтернативные вероисповедные положения. Первые четыре раздела, в которых было изложено учение о творении человека, о первоначальном состоянии человеческой природы, о свободе воли, о причине греха и о первородном грехе, после недолгого обсуждения были приняты обеими сторонами. Уже на этом этапе обозначились противоречия среди католических теологов: И. Экк высказал недовольство чрезмерно расплывчатым богословским языком формулировок Й. Гроппера, однако не стал настаивать на своих возражениях. Содержание пятого раздела, посвящённого учению об оправдании, к обсуждению которого участники коллоквиума приступили 28 апреля 1541 г., было признано неудовлетворительным и И. Экком, и Ф. Меланхтоном; после того как каждый из них подал собственные предложения по изменению формулировки, католические теологи при участии Г. Контарини составили полностью переработанную версию раздела, которая была принята католиками и протестантами 2 мая 1541 г. В этой версии было сохранено протестантское учение об оправдании верой, однако оно было истолковано особым образом с целью исключить радикальное лютеранское представление о спасении одной только верой: «Мы считаем верным и здравым учение о том, что грешник оправдывается живой и действенной верой, поскольку именно благодаря такой вере мы становимся угодными Богу ради Христа... Итак, живая вера – это вера, которая принимает милосердие во Христе и верует, что праведность, заключённая во Христе, вменяется ей по благодати, и которая вместе с этой праведностью получает излияние Святого Духа и любовь...» Хотя различие между вменяемой праведностью Иисуса Христа и личной праведностью человека, связанной с совершаемыми им добрыми делами, не проводится прямо, оно неявно подразумевается. Добрые дела объявляются совместным действием Бога и человека, поскольку «они совершаются по вере и проистекают от Святого Духа, Который действует в нас при содействии нашей свободной воли как частичного деятеля»; признаётся, что за добрые дела, являющиеся свидетельством веры и любви, человек получает награду на небесах, которая в зависимости от степени добродетельности человека может быть большей или меньшей. 3 мая 1541 г. участники коллоквиума перешли к рассмотрению разделов, посвящённых изложению учения о церкви и о таинствах. Большинство положений разделов 6–9, в которых говорилось о свойствах церкви, о церковной юрисдикции и авторитете, о роли церкви как источника истинной проповеди Слова Божия и о дарованной церкви власти отпускать грехи, были приняты обеими сторонами без существенных возражений, однако при обсуждении девятого раздела, содержавшего учение о церкви как о непререкаемом авторитете в области толкования Священного Писания, протестанты отказались принимать формулировку «Вормсской книги» и предложили альтернативное письменное изложение своих взглядов (впоследствии все альтернативные формулировки, предлагавшиеся протестантскими теологами, были собраны и опубликованы Ф. Меланхтоном под общим названием «Артикулы»).