30 января 1920 г. Т.П. Самсонов известил П.А. Красикова об освобождении митрополита Арсения при условии его выезда из Москвы в Новгород, в отношении патриарха и Кирилла сообщалось, что они «обвиняются в контрреволюционной агитации путём рассылки воззваний и сношения с Колчаком и Деникиным». Кирилл провёл в заключении во внутренней тюрьме ВЧК около двух месяцев. Вернулся к работе в Священном Синоде не позднее 2 марта 1920 г. (Российский государственный исторический архив). 22 апреля 1920 г. Кирилл был назначен митрополитом Казанским и Свияжским, однако долго не мог прибыть в Казань из-за противодействия властей. В июне в Казани по инициативе братии казанского во имя св. Иоанна Предтечи мужского монастыря был начат сбор подписей под ходатайством о разрешении Кириллу прибыть к месту служения. Как сообщалось сотрудником Секретного отдела ВЧК, Кирилл пришёл в конце июня в ВЧК за пропуском в Казань, «...однако не получил последнего, будучи известен за определённого черносотенца. Ему было отказано под благовидным предлогом, который сводился к тому, чтобы он получил разрешение из восьмого отдела Наркомюста, где было следствие о Высшем церковном управлении, членом которого он состоял. Там ему в разрешении на выезд было отказано тоже» (Государственный архив социально-политической истории Кировской области). Кирилл, объясняя позднее обстоятельства происшедшего, рассказывал, что при обращении в Наркомюст ему «хотели сначала выдать пропуск, но потом ввиду утраты одного дела... выдачу разрешения снова отменили, отложили на неделю, потом на будущую». Кирилл понял, что не добьётся результата, хотя ему и объявили об отсутствии формальных оснований, препятствующих отъезду. Он попытался добиться приёма у начальника Секретного отдела ВЧК Мартына Ивановича Лациса (Яна Фридриховича Субрабса), но не был принят. Тогда Кирилл обратился в отдел пропусков ВЦИК, где 6 июля получил как частное лицо по имевшемуся у него, как у сотрудника Высшего церковного управления, профсоюзному удостоверению пропуск на проезд по железной дороге в Казань. 9 июля 1920 г. он прибыл в Казань, где в тот же день принял участие в праздновании чтимой иконы Божьей Матери «Седмиезерная». Жил в казанском Богородицком мужском монастыре, откуда ежедневно ходил пешком в Иоанно-Предтеченский монастырь, где размещался епархиальный совет. Совершал богослужения в приходских и монастырских храмах Казани и окрестностей. Сумел быстро урегулировать конфликты внутри епархии, назначил новых настоятелей Макариева свияжского в честь Вознесения Господня и Раифского в честь Грузинской иконы Божьей Матери монастырей. 24 июля Кирилл месте со своим викарием Чистопольским епископом Анатолием (Грисюком) и викарием Нижегородской епархии Балахнинским епископом Петром (Зверевым) совершил хиротонию архимандрита Иоасафа (Удалова) во епископа Мамадышского, викария Казанской епархии. 15 июля ЧК Татарской АССР (ТатЧК) информировала ВЧК о пребывании Кирилла в Казани. 23 июля М.И. Лацис отправил в Казань телеграмму с приказом о немедленном аресте Кирилла, как уехавшего из Москвы без разрешения. Кирилл был вызван в Казани на допрос, но оставлен на свободе.