На нужды Кожеезерского мужского монастыря известный московский благотворитель Павел Матвеевич Александров пожертвовал 10 тыс. руб., а позже завещал еще 40 тыс. руб. По Высочайшему указу от 30 мая 1853 г., Кожеезерский мужской монастырь стал самостоятельным, второклассным. Иеромонах Пармен (Правоторов; ум. в 1867 г.), постриженик Соловецкого монастыря, управлял обителью. В 1855 г. в Кожеезерском мужском монастыре была построена и освящена трёхпрестольная деревянная Богоявленская церковь с колокольней. Одновременно над гробницей преподобных Серапиона и Антония (Авраамия) Кожеезерских была поставлена часовня для чтения Псалтири. В 1861 г. епископ Архангельский Варлаам (Успенский) поручил иеромонаху Митрофану (Правоторову; ум. в январе 1884 г.), брату иеромонаха Пармена, дальнейшее восстановление обители. Вскоре по ходатайству нового настоятеля в пользу Кожеезерского мужского монастыря были отписаны принадлежавшие раньше монастырю земли (четыре версты вокруг Кожозера) и местность с часовней преподобного Никодима на реке Хозьюга. В 1862 г. попечением игумена Митрофана Архангельская палата государственного имущества вернула монастырю земли, раньше захваченные крестьянами-арендаторами. В 1864 г. в Кожеезерском мужском монастыре по проекту губернского архитектора Васильева началось возведение, а в 1884 г. состоялось освящение пятиглавого каменного храма Успения Пресвятой Богородицы с двумя приделами: преподобных Зосимы и Савватия Соловецких и преподобного Никодима Кожеезерского. Одновременно начали строить каменную тёплую трапезную, соединённую переходом с Успенской церковью. В трапезной был освящён тёплый храм Преображения Господня. В 1867 г. игумен Митрофан ушёл на покой (похоронен в обители). В 1867–1885 гг. в Кожеезерском мужском монастыре сменилось больше десятка настоятелей. В 1885 г., при иеромонахе Тихоне, часовня над гробницей преподобных Серапиона и Авраамия была перестроена в каменную церковь св. Иоанна Предтечи. В 1887–1888 гг. на месте сгоревшего Богоявленского храма (рядом с Иоанно-Предтеченской церковью) была возведена и 15 января 1889 г. освящена новая тёплая деревянная соборная церковь Богоявления (Российский государственный исторический архив. 1987 г.). Около 1898–1909 гг. была построена надвратная церковь Тихвинской иконы Божьей Матери. На территории обители находился также двухэтажный кирпичный игуменский корпус, молочарня для хранения и обработки молока с подвалом и ледником, овин для сушки снопов, два амбара с погребами, кирпичная баня. К началу 1918 г. в Кожеезерском мужском монастыре проживали иеросхимонах, пять иеромонахов, четыре иеродиакона (двое из них – казначей и ризничий), девять монахов и пять послушников. До 1917 г. настоятелем был архимандрит Олег (Завилин), по возрасту «моложе всей старшей братии». После 1917 г. в монастыре возникли перебои с хлебом, некоторые монахи возроптали. Кроме того, братия без благословения настоятеля решила не поминать за богослужением императора св. Николая II, его семью и лиц императорской фамилии, а позже избрала большинством голосов «исполнительный комитет монастыря», отстранив архимандрита Олега от руководства. Исполнительный комитет описал имущество настоятеля, потребовав выдать все деньги. Монахи перестали ходить в храм и отказывались от работ.