Текст с сокращённым критическим аппаратом вошёл в «Corpus iuris civilis» (editio stereotypa) Теодора Моммзена. Издание П. Крюгера, несмотря на то что оно по-прежнему остаётся основным инструментом работы исследователей, неоднократно становилось объектом обоснованной критики. Прежде всего, нарекания вызывает сама концепция учёного, лежащая в основе издания. П. Крюгер полагал на основании анализа рукописей, что так называемые сокращённые (epitomati) рукописи «Кодекса Юстиниана» имеют один общий архетип, «Epitome Codicis» (таким образом, он ставил перед собой задачу реконструировать эту древнюю эпитому «Кодекса Юстиниана»). Однако современные исследования выявили несколько групп рукописей «Кодекса Юстиниана», которые не могут быть сведены к единому прототипу. В частности, рукописи, датируемые XI в., и рукопись из библиотеки Вюрцбурга представляют собой самостоятельную, отличную от реконструированной П. Крюгером традицию передачи текста «Кодекса Юстиниана». Также исследователям известно, что П. Крюгер помимо собственно рукописей «Кодекса Юстиниана» использовал другие источники, относящиеся как к до-Юстиниановой, так и пост-Юстиниановой правовой традиции, а именно «Кодекс Феодосия», пост-Феодосиевы Новеллы, «Василики» и т.п. Однако действовал издатель по отношению к этим источникам произвольно, иногда дополняя рукописный текст «Кодекса Юстиниана» на основании, к примеру, «Кодекса Феодосия» или «Василик», иногда не дополняя, но никогда не объясняя причин своих действий. Наконец, после издания П. Крюгером «Кодекса Юстиниана» были открыты новые источники или переизданы со значительными изменениями и дополнениями уже известные. П. Крюгер вплоть до своей смерти в 1926 г. вносил в editio minor Кодекса дополнения из новооткрытых источников. Так, в издание 1915 г. он внёс исправления, основываясь на опубликованном в 1890 г. фрагменте третьей книги «Кодекса Юстиниана» (напротив, некоторые данные в издании П. Крюгера учтены не были). Впрочем, информация, которую исследователи могут почерпнуть из подобных новых источников, касается, в основном, надписей и подписей к императорским постановлениям. Новые же издания «Василик» и других греческих правовых памятников могут существенно изменить наше представление о тексте «Кодекса Юстиниана». Переводы «Кодекса Юстиниана» осуществлялись, в основном, в рамках перевода «Юстинианова Свода» в целом. Перевод «Кодекса Юстиниана» и новелл на английский язык был выполнен также Ф. Блумом, однако не был опубликован. Рукопись хранилась в библиотеке Университета Вайоминга (в настоящее время есть только интернет-публикация данного перевода, осуществлённая преподавателем этого университета Т. Керли. «Кодекс Юстиниана» второго издания являлся (как и «Кодекс Феодосия») законодательным сводом христианской империи. Император Юстиниан (как и император Феодосий II) поместил в свой Кодекс раздел, посвящённый церковному праву. Император Юстиниан довёл до логического завершения замысел своего предшественника: если в «Кодексе Феодосия» этот раздел помещён в последнюю, шестнадцатую книгу, то в «Кодексе Юстиниана» он расположен уже в самых первых титулах первой книги. «Кодекс Юстиниана» начинается с титула, имеющего название «О Святой Троице и кафолической вере, и пусть никто не осмеливается публично о ней спорить» («De Summa Trinitate et fide catholica et ut nemo de ea publice contendere audeat»).