В Клюни строгую обсервацию приняли 72 монаха, а в конгрегации св. Мавра – только 100 из более 700 монахов. Вместо генеральных капитулов клюнийцы строгой обсервации по образцу конгрегации св. Мавра стали проводить собрания должностных лиц. Слияние бенедиктинских конгрегаций вызвало отпор не только у противников реформы, но и у тех её сторонников, которые выступали за сохранение нескольких самостоятельных монастырских объединений. Среди последних ведущую роль играл Грегуар Тарисс; его положение заметно укрепилось благодаря переходу на его сторону монахов из конгрегации св. Витона, бежавших из Лотарингии из-за Тридцатилетней войны и голода. В 1637 г. под его давлением сложил полномочия генеральный приор Гуго Ролле. Активное противостояние сторонников и противников реформы продолжалось до кончины кардинала Ришелье (4 декабря 1642 г.). Сторонники строгой обсервации избрали на должность аббата бывшего мавриста Жермена Эспьяра, визитатора провинции Бургундия. Противники реформы предложили эту должность Арману де Бурбону, принцу де Конти, сыну принца Конде и аббату Сен-Дени (аббат Клюни в 1642–1654 гг.). После смерти короля Людовика XIII (14 мая 1643 г.) бóльшая часть преобразований, проведённых кардиналом Ришелье, была отменена. Арман де Бурбон был признан законным аббатом Клюни; в 1644 г. с одобрения Папского престола было упразднено объединение Клюнийской конгрегации и конгрегации св. Мавра, монастырь Сен-Мартен-де-Шан вернулся в состав Клюнийской конгрегации. На капитуле в монастыре Ла-Шарите-сюр-Луар главой клюнийцев строгой обсервации, сохранивших правила и обычаи мавристов, был избран Юбер Ролле, номинальный председатель конгрегации св. Витона. Аббат Арман де Бурбон восстановил ежегодное проведение генерального капитула. На капитуле 1647 г. клюнийским общинам строгой обсервации было разрешено сохранить своё положение под руководством генерального викария, однако члены других конгрегаций могли переходить в Клюнийскую конгрегацию только с разрешения генерального капитула; генеральный приор избирался капитулом на трёхлетний срок. Аббат также издал указания, относившиеся к внутреннему распорядку клюнийских монастырей (о собственности, об одежде, о богослужениях и т.д.). Однако из-за активного участия в политической борьбе он уделял мало внимания делам Клюнийской конгрегации. После поражения Фронды (1648–1653 гг.) Арман де Бурбон был отправлен в ссылку; в 1654 г. он сложил полномочия аббата Клюни и женился на Анне Марии Мартиноцци, племяннице кардинала Джулио Мазарини. Должность аббата-коммендатария Клюни перешла кардиналу Джулио Мазарини (1654–1661 гг.), получившему одобрение папы Александра VII. Кардинал пожелал лично управлять Клюнийской конгрегацией и продолжить реформу в соответствии с программой кардинала Ришелье. С этой целью он назначил настоятелями трёх крупнейших клюнийских монастырей (Клюни, Сен-Мартен-де-Шан и Ла-Шарите-сюр-Луар) членов конгрегации св. Мавра, а также попытался объединить Клюнийскую конгрегацию и конгрегацию св. Витона. Монахи Клюни подали жалобу в Римскую курию на действия кардинала, но тот отправил активных противников реформы в тюрьму и назначил на все должности в Клюнийскую конгрегацию членов конгрегации св. Витона. Преемник Джулио Мазарини кардинал Ринальдо д'Эсте (аббат в 1661–1672 гг.), заручившись поддержкой Римской курии, продолжал оказывать покровительство сторонникам строгой обсервации. После его кончины папа Римский Лев X разрешил монахам Клюни провести выборы аббата; главой Клюнийской конгрегации стал монах Анри Бертран де Бёврон (1672–1683 гг.).