Лучше многих средневековых мозаик Рима сохранились мозаики верхней церкви: незначительные реставрационные вмешательства в декорацию конхи, связанные с устройством деревянного кессонированного потолка, относятся к 1715 г. и не коснулись основной части композиции. В 1994–1995 гг. специалисты Центрального института реставрации удалили поверхностные загрязнения и следы вмешательства предшествующих реставраций. В конхе апсиды представлена колоссального размера композиция «Распятие Христа». Спасителю предстоят Богоматерь (слева) и апостол Иоанн Богослов (справа). На широких тёмно-синего цвета перекладинах креста – 12 белых голубей, символизирующих апостолов. Основанием креста служит пышный куст аканфа, из центра которого в разные стороны отходят длинные побеги. Два из них поднимаются вверх, соединяются под перекрестием, образуя удлинённые овалы вокруг вертикальной перекладины. В нижний, больший по размеру, заключены фигуры Богоматери и апостола Иоанна. Два другие отростка отходят в обе стороны, заполняют всю поверхность алтарной ниши, образуя пять рядов симметрично расположенных спиралевидных завитков. Их размер уменьшается постепенно снизу вверх. Внутри каждого завитка и на золотом поле между ними – миниатюрные фигурки людей, животных, птицы, цветы, корзины с фруктами, зажжённые лампады. Из-под аканфового куста истекают четыре водных потока – реки «живой воды». В них плещутся рыбы, утоляют жажду земные твари (олени, павлины, цапли и др.). Сцены повседневной жизни – пастыри со стадами, рыболовы и ловцы птиц, женщина, кормящая домашних птиц, – помещены в том же ярусе под первым рядом завитков. Над ним на золоте – фигуры отцов церкви: святителей Амвросия Медиоланского, Августина Гиппонского, Иеронима Стридонского и Григория Великого. Они представлены в иконографии евангелистов: в креслах, с раскрытыми кодексами в руках и письменными принадлежностями. Между ними находятся изображения монаха, кормящего попугая, трёх юношей, семейной пары с ребёнком и др., носящие, по мнению исследователей, аллегорический характер. Над третьим рядом – крылатые путти, оседлавшие дельфинов или трубящие в рожки и трубы; исследователи предполагают, что они олицетворяют природные стихии (воду, воздух, ветры и проч.). В одном ряду с ними представлены птицы, сидящие в гнёздах и питающие птенцов. Пространство между следующими тремя верхними ярусами завитков заселено многочисленными и разнообразными пернатыми. В верхней части конхи помещена декоративная раковина; в её основании непосредственно над перекладиной креста – божественная десница, сегмент неба с яркими синими, оранжевыми, белыми облаками и с мученическим венцом. Обрамлением мозаики алтарной ниши служат две растительные гирлянды, поднимающиеся из высоких двуручных кувшинов и скреплённые в зените арки монограммой «Х Р». По нижнему краю конхи проходит латинская надпись (без разделения на предложения): «Ecclessiam Christi viti simulabimus / isti de legno crucis Jacobi dens, Ignatiiq. insupra scripti requiescunt corpore Christi / quam lex arentem sed Crux facit esse virentem» («Церковь Христова подобна лозе, которую Закон иссушает, а Крест Христов животворит. В этом месте под изображением тела Иисуса Христа хранятся древо Животворящего Креста, зубы Иакова и Игнатия»). Первая часть текста раскрывает богословское содержание алтарной композиции: в образе разветвлённого куста аканфа, произрастающего из земли, орошённой кровью распятого на кресте Господа, представлена христианская церковь. Образ мира, воплощённый в алтарной мозаике, соотносится с главным церковным таинством – евхаристией, в котором осуществляется общение Бога со Своим творением.