Собор подтвердил примат архиепископа Лиона над церковными провинциями Руана, Санса и Тура, а также юрисдикцию архиепископа Турского над Бретанью. Постановив выделить диоцез Аррас из епископства Камбре, Клермонский собор решил спор о выборах епископа Камбре в пользу Манассии. Папа Урбан II смог уладить давний территориальный конфликт между аббатствами Клюни и Ла-Шез-Дьё из-за аббатства Моза (близ Клермона), которое было признано дочерним монастырём Клюни. Несколькими соборными постановлениями были удовлетворены претензии Клюни и на ряд других церквей и монастырей. Клермонский собор решил спор между аббатом Петром Анианским и епископом Жоффруа Магелонским (в пользу последнего), а также спор между епископами Гренобля и Вьенны о деревни Серморен (в пользу епископа Гренобля). На Соборе были подтверждены привилегии, дарованные разным церквам и монастырям. Клермонский собор низложил Бегона, аббата Конка, а Гервину, епископу Амьенскому, в соответствии с принятым каноном запретил занимать одновременно епископскую кафедру и должность аббата монастыря Сен-Рикье. С Клермонским собором исследователи связывают распространение в католической церкви так называемой Малой службы часов Пресвятой Деве Марии (Officium parvum Beatae Mariae Virginis). Её происхождение исследователям неизвестно. Исследователи полагают, что она возникла как дополнение к вотивным мессам в честь Пресвятой Девы, которые известны исследователям по каролингским рукописям рубежа VIII и IX вв. Похожие краткие службы Святому Кресту, Всем святым, Троице и об усопших были широко распространены в англосаксонской традиции. Но первые упоминания о службе Деве Марии, совершаемой ежедневно в качестве дополнения к каноническим часам, исследователи встречают в источниках только с середины – второй половины X в.: в Житии св. Ульриха, епископа Аугсбургского; в сообщении «Хроники» Гуго из Флавиньи о епископе Беренгерии Верденском (940–962 гг.). Уставом аббатства Айнзидельн в рядовые субботы от октавы Пасхи до Адвента предписывалось совершать службу с тремя чтениями в честь Святого Креста и Девы Марии. В Италии Пётр Дамиани призывал клириков регулярно совершать Малую службу Пресвятой Деве Марии. В Клюни аббат Гуго предписал монахам, находящимся в больнице, читать «Horas de S. Maria» ежедневно, а всей братии – по субботам. Согласно «Портифорию св. Вульфстана» (вторая половина XI в.), служба совершалась по субботам. В Житии св. Бруно Картузианца отмечалось, что именно Клермонский собор обязал всех клириков совершать службу Деве Марии. Винцентий из Бове, ссылаясь, как полагают исследователи, на «Хронику» Жоффруа де Вижуа (конец XII в.), также сообщает о постановлении Клермонского собора совершать эту службу по субботам. Однако, судя по рукописям, исследователи сделали вывод, что вплоть до XIII в. единообразия в составе службы и практике её совершения не было. Впоследствии Малая служба часов Пресвятой Деве Марии, выстроенная по модели семи канонических часов, составила основу позднесредневековых Книг часов. По мнению исследователей, Клермонский собор подтвердил установление особой, десятой, префации для мессы на праздники в честь Пресвятой Девы Марии, принятой Собором в Пьяченце.