Переход богослужения в ряде сёл с церковнославянского на гагаузский язык инициировал епископ Владимир (Синьковский), который, исходя из своего миссионерского опыта, в 1905 г. связывал необходимое оживление церковноприходской жизни с богослужением на родном зыке. Его деятельность по переводу богослужения в ряде приходов на молдавский и частично гагаузский языки вызвала бурные дискуссии как среди местного духовенства, так и за пределами Кишинёвской епархии. Так, например, священник Алексий Матеевич в работе «Моменты церковного влияния в происхождении и историческом развитии молдавского языка» (1910 г.) писал о «спасительности» присоединения Бессарабии к России как для молдавского языка, так и для молдавского богослужения, поскольку в связанной с Бессарабией Румынии, где раньше богослужение совершалось по молдавским церковным книгам, в XIX в. в богослужении утвердился «созданный филологами-новаторами» румынский литературный язык – латинизированный и искусственный. Священник Алексий Матеевич писал о необходимости ограничить в крае румынское влияние, подпитывающее молдавский церковный сепаратизм. В 1906 г., при епископе Владимире (Синьковском), был введён выборный порядок при замещении должностей благочинных, их помощников и окружных духовных следователей. Это привело к ряду злоупотреблений, к ослаблению власти архиерея. Новый правящий архиерей, епископ Серафим (Чичагов; с 1912 г. – архиепископ), прибывший в Кишинёв 28 октября 1908 г., решил укрепить власть епархиального управления. По его ходатайству Синод в феврале 1909 г. отменил выборность благочинных и их помощников в Кишинёвской епархии (в 1910 г. были учреждены благочиннические советы). Для улучшения системы управления 30 декабря 1909 г. синодальным решением открывается второе викариатство Кишинёвской епархии – Измаильское, на которое 17 января 1910 г. был хиротонисан епископ Гавриил (Чепур), совмещавший должности викария и настоятеля новоучреждённого Измаильского Успенского монастыря, где ему была определена резиденция. 31 августа 1909 г. епископом Серафимом (Чичаговым) учреждён Кишинёвский епархиальный миссионерский совет. При этом из-за открывшихся финансовых злоупотреблений епископ Серафим (Чичагов) в 1909 г. преобразовал Церковно-молдавскую епархиальную типографию в коммерческое учреждение в непосредственном подчинении епархии и упразднил коллегиальный орган – комитет типографии.