При патриархе Кирилле II (1078–1092 гг.) возникла традиция почитать этот храм как место пребывания Святого Семейства во время путешествия в Египет, а также как место проповеди апостолов Марка и Петра. В 1991 г., во время реставрации храма, по версии коптов, в храме были обнаружены мощи коптского св. Симеона Кожевника (X в.), передвинувшего гору Эль-Мукаттам при халифе аль-Муиззе. Мощи были идентифицированы на основе сходства найденного тела с изображениями святого на иконах. Здание храма окружено кирпичной стеной десятиметровой высоты. Его план близок к квадрату со стороной 18 м. Однако в основе лежит план не крестово-купольного храма, а трёхнефной базилики, внутреннее пространство которой было со временем сильно укорочено за счёт строительства перегородок в западной части. Сохранилась часть колоннады из шести колонн и двух столбов, поддерживающих своды в середине храма. Алтарь состоит из небольшой апсиды и двух боковых пастофориев. В помещения нартекса включены два баптистерия, перекрытые кирпичным сводом. Монастырь св. Феодора (Эль-Амир-Тадрос) в Бабальюн-эд-Дараг, близ храма Пресвятой Богородицы. Церковь св. Феодора известна исследователям со времени патриаршества Христодула (1047–1077 гг.). От древнего здания остались лишь фрагменты. Современная постройка возникла в XVIII в. В храме отсутствует алтарная преграда. В северной части алтаря находятся частицы мощей св. Феодора. Второй монастырский храм, посвящённый мученикам Киру и Иоанну, известен исследователям с рубежа XIV и XV вв.; затем был полностью перестроен, в настоящее время представляет собой несимметричное помещение со сводами на двух столбах и с тремя апсидами. Церковь архангела Михаила (Эль-Кибли) расположена южнее монастыря св. Феодора. Она была построена при халифе аль-Хакиме (996–1021 гг.), во время патриаршества Филофея (979–1003 гг.); позднее несколько раз перестраивалась. В этом храме в 1268 г. был возведён на престол патриарх Гавриил. От оригинального здания сохранились лишь немногочисленные мраморные детали и некоторые части наружных стен. Ряд рукописей XIII–XIV вв. из этого храма ныне хранятся в Национальной библиотеке в Париже, в Британской библиотеке и в Ватикане. Старый коптский кафедральный собор св. Марка в районе Эль-Эзбекия был построен в конце XVIII в. по разрешению мусульманских властей, которое получил Ибрахим аль-Гухари. Церковь стала патриаршей резиденцией при Марке VIII (1796–1809 гг.). При патриархах Кирилле IV (1854–1861 гг.) и Димитрии II (1862–1870 гг.) комплекс реконструировали. Интерьерная отделка храма была завершена при Кирилле V (1874–1927 гг.). Патриархи Коптской церкви проживали в апартаментах при храме с 1850 гг. до 1968 г., когда был освящён новый собор св. Марка в Эль-Аббасии. Конструкция и стиль декора собора близки к греческим церковным постройкам XIX в. Его отличительной особенностью, характерной для христианских храмов Египта, исследователи считают две колокольни, фланкирующие западный фасад здания, как, например, в церкви Эль-Муаллака. Собор представляет собой трёхнефную базилику с двумя рядами белых мраморных колонн.