В надписи на полу сообщается, что мозаики были выполнены при «любящем строительство» епископе Кирены Мине. По другим источникам этот епископ неизвестен, но по стилю мозаики настолько близки к мозаикам в Каср-Либии (Ольбии, Феодориаде), выполненным при императоре Юстиниане I, в 539/540 г., что и рассматриваемый памятник исследователи уверенно датируют этим временем. В ходе второй перестройки базилики были укреплены её стены, с севера была добавлена двухэтажная галерея-вестибюль. «Центральная» базилика, трёхнефная, с нартексом, расположена на пересечении главных улиц города. Она ориентирована с отклонением к северу от оси «восток-запад», апсида устроена с запада. С. Стукки датирует базилику второй половиной V в. (и считает её кафедральной, с чем не согласны другие исследователи). Апсида обстроена двумя квадратными в плане помещениями. По краям апсиды установлены две колонны-сполии из серого гранита, поддерживавшие триумфальную арку. Уровень пола в полукружии апсиды выше остального алтарного пространства. Расположенный к востоку от агоры дом Исихия (его хозяин имел должность ливиарха, т.е. председателя совета провинции Ливия) был сооружён в I в., неоднократно перестраивался (последний раз – в IV в.) и был разрушен землетрясением 365 г. Мозаики перистиля содержат христианские надписи. Погребальная базилика находится к югу от городских стен. Она не исследована археологами, поэтому её план приблизителен: базилика с центральным и боковыми нефами, восточная апсида обстроена капеллами, входы расположены с запада и севера. Захоронение в южном нефе С. Стукки считал раннехристианским мартирием, который впоследствии был включён в церковное здание. Об использовании христианами в IV в. одной из высеченных в скальной породе гробниц II в. в северном некрополе свидетельствуют изображённые в аркосолии «Иисус Христос Добрый Пастырь», павлин и 12 рыб. В другой гробнице северного некрополя (так называемой гробнице Димитрии), относящейся к эллинистическому периоду, но повторно использованной в IV в., есть христианские надписи и изображения цветов и птиц, в том числе павлинов. Христианская надпись обнаружена и в одной из гробниц южного некрополя. Спорными исследователи считают предположения, что для христианского богослужения использовалась базилика цезареума, здание F недалеко от «Центральной» базилики и крипта храма Аполлона. Архиереи Киренские (Киринские): святитель Луций (I в.), священномученик Феодор (конец III – начало IV вв.), Филон Старший (упоминается в 365/366 г.), Филон Младший (конец IV – начало V вв.), Руф (упоминается в 449 г.), Мина (VI в., в правление Юстиниана I), Мелетий Пигас (до 1590 г.?; впоследствии Александрийский патриарх Мелетий I Пигас), Иосиф (упоминается в 1789 г.), Спиридон (1866–1886 гг.), Феодор (Хоревтакис; впоследствии Александрийский патриарх Феодор II; 1990–1997 гг.), Афанасий (Киккотис; с 1999 г., с 2009 г. – в сане митрополита).