Вторая часть основана на устных свидетельствах современников и наблюдениях автора как участника событий. В ней подробно рассказано о нашествии хорезмшаха Джелал-ад-Дина и монголо-татар на земли Армении, летопись доведена до событий 1265 г. В сочинение включены различные документы богословского, церковно-канонического и политического содержания. Поскольку в произведении нет записи о его завершении или обобщающей концовки, исследователи предполагают, что «История Армении» осталась незавершенной. Последняя глава явно не окончена: рассказ о войне между двоюродными братьями, монгольскими ханами Хулагу и Берке, прерывается на описании расположения войск. Исследователи считают сочинение важным источником по истории монгольского владычества в Армении и сопредельных странах, описывает быт, нравы, общественный строй и даже язык монголов, содержит сведения о политической истории государства Хулагуидов, стран Средней Востока, а также данные по истории Киликийской Армении. Источники, которыми пользовался Киракос Гандзакеци в работе над «Историей Армении», в основном, указаны им в преамбуле – это документы религиозного и богословского содержания, церковно-канонические и политические грамоты, житийная литература, Священное Писание, сочинения Евсевия Кесарийского («великий Евсевий») и Сократа Схоластика («многомудрый Сократ»), а также деятелей Армянской церкви и армянских историков, как древних, так и средневековых, которые перечислены в хронологическом порядке. Наиболее важными для Киракоса Гандзакеци были труды Мовсеса Каланкатуаци и Самуэла Анеци; упоминаются и не сохранившиеся сочинения Ованнеса Саркавага и Ванакана Вардапета и др. Подобно Степаносу Орбеляну, Киракос Гандзакеци часто использовал в работе и армянские лапидарные надписи. «История Армении» состоит из 65 глав и написана с целью сохранить память о тех событиях, которые произошли в мире. Киракос Гандзакеци отмечает, что Бог заложил в душе человека стремление к познанию прошлого и будущего («Коренится промыслом творца в природе человеческой страстная любознательность, дабы он (человек) изучал события как прошлого, так и грядущего»), а также подчёркивает важность континуитета знания, ссылаясь на Псалтирь: «...Заповедал отцам нашим возвещать детям их, чтобы знал грядущий род» (Пс. 77:5–6). Описывая исторические события и обсуждая их причины, Киракос Гандзакеци ссылается на Священное Писание и следует законам средневековой историографии и концепции объяснения катастроф и бедствий (в том числе и природных) божественной карой за грехи людей. Комментируя нравственно-этические вопросы, он, как правило, обращается к авторитету святителей Василия Великого и Иоанна Златоуста.