Более фундаментальным и подробным исследователи называют курс лекций Киприана по доникейской патрологии. Опубликован только первый том курса (включающий обзор авторов I–II вв.); второй том (посвящённый авторам III в., в том числе Клименту Александрийском и  Оригену) не издан. Сборник «Крины молитвенные» (1928 г.) является первой книгой Киприана. В ней он касается темы богословского осмысления литургических текстов православной церкви. Основную часть сборника составляет «Шестоднев» – толкование богослужения седмичного круга. Исследователи отмечают, что в отличие от более поздних трудов Киприана, для которых характерен сдержанный тон, сборник проникнут приподнятым, почти восторженным настроением. Автор не скрывает ностальгических чувств по отношению к утерянной родине, «святой Руси»: толкования богослужебных текстов перемежаются с зарисовками из дореволюционной монастырской жизни. Сборник «Литургика: Гимнография и эортология», вышедший после смерти Киприана (1964 г.), включает лекции, прочитанные им в Свято-Сергиевском институте. Лекции не предназначались для печати, поэтому в них отсутствуют научный аппарат и библиография. Тем не менее, в книге немало сведений по истории православной гимнографии и христианских праздников. Автор рассматривает все основные жанры богослужебной поэзии (антифон, ипакои, тропарь, кондак, стихира, канон и т.д.), говорит о знаменитых песнописцах, анализирует древние богослужебные уставы. Церковно-исторический интерес для исследователей представляет монография Киприана об архимандрите Антонине (Капустине; 1934 г.). Книга содержит много сведений о жизни и быте русского духовенства XIX в., о духовных школах того времени; подробно говорится о возникновении Русской духовной миссии в Иерусалиме и первых десятилетиях её деятельности. Взгляды архимандрита Антонина на взаимоотношения между Россией и православным Востоком чередуются с размышлениями Киприана на ту же тему. Помимо монографий Киприану принадлежат статьи в русской эмигрантской печати, а также в западных научных журналах. В речи «Ангелы, иночество, человечество: К вопросу об учёном монашестве», произнесённой на торжественном акте Свято-Сергиевского института в Париже (8 февраля 1942 г.), Киприан предпринял попытку богословского осмысления темы учёного монашества. Занимался переводами святоотеческих текстов: в частности, перевёл «Главы» и «Гомилии» Григория Паламы. По заказу редакции католического журнала «Irénikon» составил на французском языке путеводитель по русским переводам творений отцов и учителей церкви «Les traductions russes des textes patristiques» (1957 г.). В последние годы жизни собирал обширную картотеку всех русских духовных деятелей с конца XVIII в. до 1917 г. (хранится в архиве Свято-Сергиевского института). Опубликованы воспоминания Киприана о митрополите Антонии (Храповицком) и об архиепископе Гаврииле (Чепуре). В 2013 г. вышли в свет Иерусалимские дневники Киприана. Богословскому наследию Киприана была посвящена конференция в Свято-Сергиевском институте (23 сентября 2010 г.), приуроченная к 50-летию со дня его кончины. 29–30 мая 2012 г. состоялась Международная научная конференция «Архимандрит Киприан (Керн) и его время» (Москва – Тула).