В 1928 г. после возведения в сан архимандрита (7 июля) назначен начальником Русской духовной миссии в Иерусалиме. Одним из результатов его пребывания на Святой земле была монография об архимандрите Антонине (Капустине), основателе миссии и выдающемся учёном. В 1931 г. Киприан вернулся к преподавательской деятельности в Битольской семинарии. В 1936 г. вторично получил приглашение от Свято-Сергиевского института и на этот раз его принял. Переехал в Париж и стал профессором кафедры пастырского богословия. С 1937 г. преподавал также литургику, с 1942 г. – патрологию. В 1945 г. защитил докторскую диссертацию «Антропология св. Григория Паламы». В 1953 г. по инициативе и под руководством Киприана в Свято-Сергиевском институте собрался первый «литургический съезд» с участием специалистов по литургике, принадлежавших к различным христианским конфессиям (впоследствии такие съезды проводились в институте ежегодно). В первые годы пребывания в Париже Киприан служил в храме Покрова Пресвятой Богородицы при общежитии для неимущих русских эмигрантов на ул. Лурмель, устроенном монахиней Марией (Скобцовой). Монахиня Мария была «полной противоположностью» Киприана. Проповедуемый ею идеал монашества, ориентированный на социальное служение и помощь бедным, оказался Киприану чужд: для него монашество, в первую очередь, связывалось с одиночеством и учёными трудами. По свидетельству митрополита Евлогия (Георгиевского), вскоре после прибытия Киприана на ул. Лурмель между ним и монахиней Марией началось взаимное отчуждение, которое митрополиту было трудно сглаживать. В 1940 г. Киприан был назначен митрополитом Евлогием (Георгиевским) настоятелем храма св. равноапостольных Константина и Елены в Кламаре под Парижем (домового храма семьи Трубецких). Служение в этом храме Киприан совмещал с преподаванием в богословском институте. Несмотря на то что храм и институт находились далеко друг от друга, Киприан никогда не пропускал лекций и богослужений. В начале февраля 1960 г. Киприан заболел воспалением лёгких и через несколько дней скончался. Отпевание было совершено в кламарской церкви. Похоронен в Кламаре, согласно его завещанию. Исследователи отмечают, что литературное наследие Киприана весьма разнородно. По замечанию протопресвитера Александра Шмемана, «своей темы, которой он был бы одержим всю жизнь, своих вопросов, ответу на которые он посвятил бы всего себя, у него не было». Он писал на разные темы, но все они были для него очень «личными»: «Он скорее описывал то, что ему понравилось, что его увлекло, чем анализировал или искал решения проблемы». Наиболее значительный труд Киприана – «Антропология св. Григория Паламы» (1950 г.), за который он был удостоен учёной степени доктора церковных наук. Исследование Киприана стало первой в русской богословской науке монографией, посвящённой Григорию Паламе.