Преподаватели избирались ректором и префектом, главным образом, из киевского учёного монашества или выдвигались Киевской духовной консисторией, утверждались Киевским митрополитом. Часто профессорами становились могилянские воспитанники. Со второй половины XVIII в. некоторые представители белого духовенства или светские преподаватели обучали иностранным языкам (видимо, именно их называли тогда бакалаврами). По-прежнему в академии учились студенты, принадлежавшие к разным сословиям. Хотя в 1682 г. киевский воевода приказывал «впредь в Киев и в Печерский монастырь поляков никово... пускать... не велеть», подозревая их в шпионаже, царская грамота 1694 г. и её подтверждение в 1701 г. разрешили обучение в Киеве православных студентов, главным образом, уроженцев украинских и белорусских земель Речи Посполитой. В инструкции митрополита Рафаила (Заборовского) «Leges academicae» 1734 г. подчёркивалось, что «в академию для приобретения познаний принимается каждый, откуда бы кто ни прибыл, свободный человек всякого состояния и звания, только бы исповедывал восточную христианскую веру и был способен к учению». Таким образом, в академию поступали приехавшие не только с украинских земель, но и россияне, белорусы, сербы, румыны, греки, молдаване. Иногда встречаются упоминания о студентах калмыках, бывших иудеях, римо-католиках, униатах, старообрядцах. Главными условиями их приёма в академию были принятие присяги на верность императорскому престолу и переход в православие. В академии обучались и дети «сильных мира»: казацкой старшины, мещанской верхушки и шляхты. По отдельным упоминаниям (регулярные списки студентов составлялись с 1737 г., с 1739 г. в них вносили только имена детей духовенства) исследователям известно, что в 1630–1650 гг. в Киеве обучались, главным образом, представители шляхты (более 67%). Мещанские, казацкие и священнические дети составляли примерно по 10% на каждую группу. Из них больше 63% составляли выходцы из Русского и Киевского воеводства, уроженцы белорусских территорий и в меньшей степени Московского царства. На рубеже XVII и XVIII вв. количество могилянских студентов возросло и предположительно могло достигать 1 тыс. человек (данные о 2 тыс. базируются на сомнительном источнике и не подтверждаются критической проверкой). В 1727 г. в академии насчитывалось 651 человек. Количество студентов уменьшилось во второй половине 1730 гг., во время войны с Портой, и с подорожанием жизни в Киеве и составляло в 1737 г. – 367 человек, в 1738 г. –  494, в 1739 г. – 536 человек. С 1740 гг. студенческая корпорация увеличивалась: в 1740 г. обучалось 567 человек, в 1741 г. – 687, в 1742 г. – 822, в 1743 г. – 902, в 1744 г. – 1110, в 1764 г. – 1159 человек. С 1766 по 1769 гг. количество студентов превышало 1 тыс. человек ежегодно, но к 1772 г. уменьшилось до 487, что связано с эпидемией чумы в Киеве. В последующие годы студенческая корпорация снова увеличилась и в 1777–1780 гг. насчитывала больше 800 человек, а в начале XIX в. в среднем составляла 1,2 тыс. юношей. 1760 гг. были в истории Киево-Могилянской академии тревожными. Состоянием учебного заведения и характером обучения («по назначению своему для духовенства», как утверждал бывший могилянский воспитанник из мелкой шляхетской семьи Григорий Степанович Винский, который в 1760 гг. обучался в Киеве) были недовольны гетман Кирилл Григорьевич Разумовский и казацкая старшина.