Эти законы вызвали сопротивление пуританских священников, продолжавших тайно проповедовать в частных домах, и послужили причиной выступлений против короля и Англиканской церкви, в частности, восстания анабаптистов под предводительством Томаса Веннера в 1661 г. В особо сложном положении оказались Шотландия и Ирландия: после исчезновения единой Англиканской церкви в годы гражданских войн в Шотландском королевстве полностью господствовала пресвитерианская церковь, а в Ирландии католическое большинство находилось практически вне закона после завоевания страны О. Кромвелем. Поэтому шотландцы ожидали от нового короля закрепления существующих порядков, а ирландцы – их пересмотра в пользу католиков, в том числе возвращения конфискованных при О. Кромвеле земель их прежним владельцам. В 1660 г. был распущен республиканский комитет по управлению Шотландией, ведущие посты в королевстве перераспределились между сложившейся в республиканскую эпоху элитой – пресвитерианами-ковенантерами и роялистами-англиканами. Также стала проводиться политика унификации вероисповедания: вновь были введены «Книга общих молитв» и епископат. В Ирландии вице-королём был назначен Джеймс Батлер, герцог Ормонд, который сохранил земли за их новыми владельцами; изъятые земли были компенсированы прежним владельцам лишь частично; никаких послаблений для католиков не последовало. Поиск союзников в ожидаемой войне с Испанией способствовал заключению англо-португальского соглашения, скреплённого в 1662 г. браком Карла II с принцессой Екатериной Брагансской, дочерью Жуана IV. Богатое приданое принцессы включало город Танжер (современное Марокко) и так называемые семь островов Бомбея (ныне Мумбай). В период правления Карла II Англия дважды воевала с Нидерландами: в 1665–1667 гг. (вторая англо-голландская война) и в 1672–1674 гг. (третья англо-голландская война). Первый конфликт начался на фоне попыток Карла II повлиять на избрание статхаудером Нидерландов своего племянника Вильгельма III Оранского. В начале войны английскому флоту удалось взять Новый Амстердам (ныне Нью-Йорк), однако затем побеждали голландцы и значительная часть английского флота была уничтожена у родных берегов. После восстановления флота к началу 1670 гг. Англия вновь вступила в войну с Голландией по тайному Дуврскому договору с Людовиком XIV, воевавшим с голландцами. Успех вновь сопутствовал Голландии, и Карл II прекратил военные действия под давлением парламента. Дабы наладить отношения с бывшим противником, король способствовал заключению брака племянницы, дочери Якова, Марии со статхаудером Вильгельмом III. Понимая, что чрезмерное давление на английского монарха всё больше заставляет его ориентироваться на Голландию, а также вызывает нежелательную для Франции чрезмерную внутреннюю нестабильность в Англии, Людовик XIV смягчил свою позицию. В последние годы правления Карла II Англия старалась не вмешиваться в континентальные проблемы, постепенно переходя к политике, впоследствии названной доктриной «блестящей изоляции». В последние 15 лет правления Карла II сложились политические группировки, давшие впоследствии названия основным партиям Великобритании: виги (более склонные к радикальному протестантизму и ограничению монархии законом) и тори (англикане либо католики, сторонники укрепления прерогатив монархии).