Однако в это время отряд Монтроза был разгромлен армией парламента Шотландии, маркиз попал в плен и вскоре был казнён. Шотландский парламент усилил давление на Карла II, требуя, чтобы он подписал Ковенант и прекратил союзнические отношения с Католической конфедерацией Ирландии. Карл II согласился на эти условия и прибыл в Шотландию. В июле 1650 г. армия О. Кромвеля вступила в Шотландию. Её успех был обеспечен победой 3 сентября при Данбаре. Силы, которые пытался возглавить Карл II, были по-прежнему крайне разобщены, однако он сумел добиться минимального компромисса между своими сторонниками из разных лагерей. Важным моментом, подтвердившим легитимность его власти и упрочившим положение, стала его коронация 1 января 1651 г. королём Шотландии. О. Кромвель, контролировавший юг Шотландии, в июле 1651 г. сумел форсировать Ферт-оф-Форт и начал быстрое наступление на север. 3 сентября в сражении при Вустере шотландская армия была разбита, а Карл II бежал с поля битвы и в скором времени покинул Британские острова. Поражение при Вустере имело самые тяжёлые последствия для роялистов. Рассчитывавший на поддержку европейских держав, Карл II оказался в политической изоляции: во Франции в этот период разрасталась так называемая Фронда (см. ст. Людовик XIV), а к власти в Нидерландах пришли радикальные республиканцы, поддерживавшие Английскую республику. Двор Карл II в изгнании сначала разместился во Франции, но впоследствии неоднократно переезжал – его резиденции располагались в Регенсбурге, Брюгге и Брюсселе. Карл II сформировал королевский совет, де-факто возглавленный Эдуардом Хайдом (1609–1674 гг.), в состав которого были включены исключительно англикане – монарх подчёркнуто дистанцировался от сторонников пресвитерианства и Ковенанта. Первое время Карлу II пришлось существовать на пенсию, назначенную королеве-матери Генриетте Марии, и частные пожертвования от роялистов. Он принял участие в урегулировании конфликта между королём и Фрондой, но кардинал Джулио Мазарини, который высоко оценил его усилия, вскоре заключил мир с Английской республикой, и Карл II так и не получил ожидаемой поддержки. Попытки привлечь на свою сторону Римский престол также не дали результатов. Папа Иннокентий X (1644–1655 гг.) потребовал от Карла II, предлагавшего смягчить положение католиков в Англии в случае его возвращения на престол, немедленного перехода в католичество, и Карл II отказался. Период нестабильности и неудачных попыток внешнеполитических альянсов завершился для Карла II со смертью О. Кромвеля. Ставший лордом-протектором сын О. Кромвеля Ричард недолго продержался у власти. Его смещение привело к ряду серьёзных внутриполитических изменений в стране; кроме того, восстановление монархии в Англии было выгодно большинству европейских держав. В 1660 г. начались тайные переговоры между Карлом II и генералом Джорджем Монком, выступившим за реставрацию монархии. Карл II пообещал провести политическую амнистию (за исключением лиц, непосредственно подписавших приговор королю Карлу I), сохранить земли, до революции принадлежавшие королевской семье и церкви, за новыми владельцами, а также гарантировать веротерпимость, что, по сути, означало толерантное отношение к протестантским деноминациям, образовавшимся за годы гражданских войн. Со своей стороны Дж. Монк и высшее военное руководство гарантировали Карлу II сохранение королевских прерогатив и отмену многих ограничений королевской власти, на которые был вынужден пойти Карл I в начале 1640 гг.