в 1828–1834 гг. Гедеон (Вишневский; впоследствии епископ Полтавский), в 1834–1839 гг. Нафанаил (Савченков; впоследствии архиепископ Черниговский и Нежинский); в 1839–1844 гг. Софрония (Сокольский; впоследствии архиепископ Туркестанский и Ташкентский), в 1844–1852 гг. Иоасаф (Покровский), в 1852 (1853 г.?) – 1856 г. Евфимий (Хреновский), в 1857–1860 гг. Алексий (Новосёлов; впоследствии епископ Екатеринославский и Таганрогский), в 1861–1864 гг. Палладий (Пьянсков; впоследствии епископ Олонецкий и Петрозаводский), в 1864–1867 гг. Феогност (Лебедев; впоследствии архиепископ Псковский и Порховский). В обители принял монашеский постриг будущий архиепископ Модест (Стрельбицкий). В 1799–1806 гг. в Каменец-Подольском монастыре проживал и в 1819 г. был похоронен первый православный епископ Каменец-Подольский и Брацлавский Иоанникий (Никифорович-Полонский). После учреждения 9 ноября 1866 г. Балтского викариатства Каменец-Подольской епархии Каменец-Подольским монастырём управляли епископы Балтские и их наместники. Их усилиями в конце XIX в. при Каменец-Подольском монастыре было основано Каменец-Подольское Троицкое православное миссионерское братство, организовавшее в 1904 г. свою типографию. С 1905 г. братство издавало «Подольский Троицкий православный народный календарь». Типография при Каменец-Подольском монастыре была упразднена в апреле 1919 г. путём присоединения к губернской типографии. С 8 ноября 1917 г. настоятелем Каменец-Подольского монастыря был отправленный на покой бывший епископ Подольский и Брацлавский Митрофан (Афонский), похороненный в обители в 1920 г. Не позднее 1922 г. Каменец-Подольский монастырь был закрыт; братия перешла в другие обители, а Троицкий собор монастыря стал приходским храмом. В 1933 г. он был закрыт, и по решению властей приспособлен под здание антирелигиозного музея, в 1935 г. взорван и разобран до фундаментов. Главной святыней Каменец-Подольского монастыря была местночтимая чудотворная икона преподобного Онуфрия, находившаяся в большом киоте в Троицком соборе обители; ещё с 1790 г. она упоминалась в документах как основная реликвия Каменецкого Троицкого братства. В 1935 г. Троицкая церковь в числе других храмов Каменца-Подольского была разрушена. На её месте до 1991 г. был небольшой сквер с фонтаном. В 1991–1998 гг. совместной украинско-американской экспедицией проводились археологические исследования фундаментов. В начале XXI в. местное руководство неоднократно обещало передать келейный корпус для открытия монастыря УПЦ. В 2005 г. Каменец-Подольский горсовет передал несколько комнат-келий на территории монастырского здания Ордену василиан, который открыл в них свою «монашескую резиденцию», вошедшую в состав Тернопольско-Зборовской униатской епархии. Этот же Орден в 2005–2010 гг. восстановил на древних фундаментах Свято-Троицкой церкви новый храм. Но монашеская жизнь не возродилась, и декретом местного униатского епископа в августе 2010 г. Свято-Троицкий храм был преобразован в приходский. Научное изучение храма до разрушения в 1935 г. не проводилось. Схематический обмер его плана опубликовал протоиерей Евфимий Сецинский. В процессе археологических исследований фундаментов памятника в 1990 гг. были выявлены остатки первоначального древнерусского храма, а также немногочисленные артефакты, в числе которых – глазурованные плитки пола с рельефами ХIV в., каменный детский саркофаг, две медные погребальные иконки с изображением Богородицы.