Конфликт между братчиками и василианами, который продолжался несколько лет, повлёк за собой множество недостойных поступков с обеих сторон, перерос в столкновения верующих, была разрушена усадьба Воскресенской церкви. Василиане разогнали Троицкое братство, признав его ненужным при униатском храме, и создали своё во имя св. Онуфрия. В 1735 г. греко-католический епископ Афанасий Шептицкий подписал устав нового братства, а в 1742 г. за василианами были признаны спорные владения на Русских фольварках. В 1740 г. епископ Афанасий Шептицкий отстранил белое духовенство и от управления движимым и недвижимым имуществом Каменец-Подольской униатской кафедры, назначив новым кафедральным «официалом» (наместником) василианского монаха Иосафата Пруницкого. Эти решения привели к длительному конфликту между каменец-подольскими василианами и униатским приходским духовенством. В 1746 г. Иосафат, пользуясь поддержкой со стороны А. Шептицкого, усилил поборы с духовенства восьми каменецких приходских церквей. В ответ духовенство образовало в 1747 г. свой капитул под руководством новоизбранного официала Иоанна Плисского, который в 1748 г. вызвал василиан в суд, обвинив их в том, что они грабили церкви, были зачинщиками беспорядков в Троицком братстве, незаконно вторгались в жизнь приходов и не признавали власть белого духовенства. В 1749 г. василиане не впустили иорданский крестный ход белого духовенства в свой монастырь, заперев ворота. В ответ Каменецкий консисторский суд запретил Каменецкому настоятелю Иосафату Пруницкому совершать богослужения и потребовал удалить василиан из обители. Обвинения подтвердил администратор Каменецкой епархии, униатский епископ Перемышльский и Самборский Онуфрий Шумлянский. Но василиане апеллировали к папскому нунцию, и тот 13 марта 1749 г. разрешил спор в их пользу, освободив василиан от отлучения и прещений. С 1749 г. Троицкому униатскому монастырю были подчинены все обители Подольского воеводства. Передача соборной Троицкой церкви униатам оказалась значительной потерей для православной общины Каменца. В 1751 г. василиане достроили в Воскресенской церкви бабинец (нартекс), о чём упоминает униатский акт визитации церквей Каменца за 1758 г. Однако впоследсвтии храм пришёл в упадок и уже в 1783 г. находился в аварийном состоянии. В течение XVIII в. униатский монастырь был перестроен василианами в пределах древней церковной усадьбы, занимавшей неправильный прямоугольник длиной 70 м между Зарванской и Троицкой улицами и выходившей на Троицкую площадь. Значительную часть усадьбы занимал сад. В 1749 г. Троицкая церковь была восстановлена: на месте минарета, разобранного вскоре после 1699 г., над притвором сооружена башня-колокольня с барочным шатровым завершением, увенчанным главкой. Новая колокольня была несколько ниже «дотурецкой», имела упрощённый декор фасадов в стиле провинциального барокко и завершение в виде сферического купола со шпилем. К югу от церкви ещё с XVII в. стоял каменный «Владычный» дом с подвалом. Он образовал центральный ризалит возведённого в 1740 гг. восточнее церкви двухэтажного корпуса келий длиной около 30 м, расположенного с отступом от Зарванской улицы. Архитектура здания с односторонним рядом помещений вдоль длинного коридора была предельно простой: крыльцо, три широких контрфорса на западном фасаде и центральный ризалит на восточном придавали ему архаичный вид. Второй длинный дом был построен вдоль Троицкой улицы (эти здания, а также церковь с перестройками начала XIX в. зафиксированы на чертеже 1835 г.).