В 1705 г. французский консул А. Арман помог монастырю расплатиться с еврейским ростовщиком. После пожара 1717 г. восточный корпус монастыря был отстроен в 1728 г. на средства иеромонаха Анфима. В 1744 г., по сведениям В.Г. Григоровича-Барского, в Кастамоните подвизалось около десяти монахов и пять – шесть человек были «на далёких послушаниях», хотя келейные монастырские корпуса были рассчитаны на 60 насельников. Кроме того, в окрестностях Кастамонита находилось пять – шесть принадлежащих ему келлий. Основным занятием иноков было земледелие. В 1765 г. численность братии Кастамонита достигала 30 человек. В 1772 г. монастырь находился в разрушенном состоянии. В 1799 г. Константинопольский патриарх Неофит VII учредил в Кастамоните киновию во главе с игуменом Гавриилом. Однако из-за отсутствия средств это преобразование было осуществлено только в 1818 г. Когда в 1801 г. в Смирне скончался кастамонитский игумен Гавриил, по просьбе Константинопольского патриарха Каллиника IV 7 июня 1801 г. новым игуменом был назначен Ефрем. В монастырь прибыла комиссия из четырёх монахов (Парфений из Великой Лавры, Феодосий из Иверского монастыря, Игнатий из Ксиропотама и Галактион из монастыря преподобного Филофея), которая составила подробный отчёт об имуществе Кастамонита, переданном игумену Ефрему: мощах, богослужебных предметах, а также мулах, лошадях и др., в том числе был создан перечень документов из архива Кастамонита. В 1808 г. в Кастамоните насчитывалось 27 монахов. В улучшении положения Кастамонита в начале XIX в. важную роль сыграло покровительство Василики, жены Али-паши Янинского, номинального вассала Османской империи, де-факто управлявшего Албанией и Эпиром. В 1819–1820 гг. на её средства была построена часть монастырских корпусов. В ризнице хранится подаренное ею Евангелие в серебряном с позолотой окладе, изготовленном в 1820 г. мастером Афанасием Дзимурисом из Каларите близ Янины. В связи с греческой национально-освободительной революцией 1821–1829 гг., в ходе которой множество монахов поддержали восставших, на Кастамонит и афонские монастыри обрушились гонения со стороны османских властей. Кастамонитским монахом Досифеем был составлен рассказ о трагических событиях на Афоне после подавления в 1821 г. восстания в Македонии. В нём в том числе говорится о пяти насельниках Кастамонита, замученных в тюрьме в Фессалонике и ныне почитаемых 12 июня в сонме новых преподобномучеников-святогорцев: Тимофее (ум. 4 июня 1822 г.), Савве Простом (ум. 10 июня 1821 г.), Венедикте (ум. в 1821 г.), Синесии (ум. в 1824 г.) и Павле (ум. в 1824 г.). Из них Тимофей также является местночтимым святым в Веррийской и Наусской митрополии, Савва Простой – в Иерисской митрополии, Венедикт, Синесий и Павел – в монастыре Кастамонит. Павел (в миру Пётр) был уроженцем Янины и обучался в этом городе в знаменитой школе Баланоса.