До 1801 г. в Картли-Кахети насчитывалось 80 тыс. православных и 800 священнослужителей (т.е. по одному священнику на 100 человек). В начале XIX в. в составе Карталино-Кахетинской епархии числились 40 протоиереев, 577 иереев, 82 диакона, 702 псаломщика. После реформы соотношение духовенства и прихожан в 1872 г. изменилось (один священнослужитель на 150 прихожан). В среднем годовое жалованье духовенства Карталино-Кахетинской епархии составляло 150–300 руб., пенсия – 70–90 руб. В 1856–1857 гг. в Карталино-Кахетинской епархии по аналогии с внутренним епархиальным делением РПЦ были образованы благочиннические округа, границы которых совпадали с административными. В Тифлисском округе находилось четыре благочиния: тифлисских городских церквей (тифлисский благочинный ввиду обширности территории имел помощника), близлежащих к Тифлису церквей, Самебское, Марткопское; в Душетском округе – три благочиния: Мцхетское, Квавильское, Ананурское; в Горийском – шесть благочиний: Карельское, Кавтисхевское, Руисское, Цхисское, Шиндисское, Цхинвальское; в Телавском – три благочиния: Сигнахское, Земо-Мачхаанское, Велисцихское; по одному благочинию – в Ахалцихском, Кахском, Джавском и Кобском округах. Вне границ Грузии благочиния из-за немногочисленности православного населения охватывали большие территории: два находились в Эриванской губернии (Эриванское и Александропольское), по одному – в Елизаветпольской и Бакинской губерниях и в Карсской области. По решению Святейшего Синода от 1867 г. в Тифлисе один или два раза в год проводилось церковное собрание духовенства Карталино-Кахетинской епархии, в котором принимали участие духовные лица, избранные в каждом приходском округе. Вопросы, выдвинутые на обсуждение, время и место проведения собрания согласовывались с экзархом. Председательствовал один из викарных епископов, назначенный экзархом. Обсуждались проблемы, связанные с положением духовных школ Карталино-Кахетинской епархии, материальным обеспечением духовных лиц и др. С 1863 г. в Грузии по примеру внутренних областей России правительство осуществляло программу помощи бедным священно- и церковнослужителям. При монастырях были основаны так называемые попечительства, работа которых была направлена на улучшение условий жизни сельского духовенства. При церквах появились кассы помощи, которые собирали пожертвования. При Тифлисском Сиони функционировало братство Пресвятой Богородицы, в Кутаиси – братство святых Давида и Константина Аргветских. В первой половине XIX в. приходили в упадок храмы и монастыри Карталино-Кахетинской епархии, в том числе действующие. В особенно тяжёлом положении оказался мцхетский кафедральный патриарший собор Светицховели, после упразднения патриаршества в Грузии лишившийся своего статуса (главным собором Грузинского экзархата стал Тифлисский Сиони). В 1820 гг. разрушились ограда и колокольня Светицховели, под угрозой оказалось здание храма. Экзарх Грузии архиепископ Евгений (Баженов; 1 сентября 1834 г. – 12 ноября 1844 г.) выделил на восстановление ограды и колокольни Светицховели 30 тыс. руб., но проблему решить не удалось. Светицховели реставрировали ещё два раза: в 1860–1874 и 1891–1900 гг., но храм постоянно требовал внимания.