После восстановления автокефалии ГПЦ на первом поместном Соборе Грузинской церкви в сентябре 1917 г. Карталино-Кахетинская епархия была разделена на исторические епархии: Мцхетскую, Тифлисскую, Алавердскую, Бодбийскую, Урбнисскую и Ацкурскую. В начале XIX в. российское руководство на основании полученных от грузинских архиереев сведений располагало точными данными о собственности епархий Восточной Грузии. В юрисдикцию Восточно-грузинского (Мцхетского) католикоса-патриарха Антония II, управлявшего Мцхетской, Алавердской и Самтавройской епархиями, входили 88 сёл в Картли и 58 в Кахети; в его непосредственном подчинении были шесть монастырей в Картли и пять в Кахети. Тбилисский митрополит Арсений (Наибидзе) имел в подчинении 18 сёл, а также владения трёх князей и четырёх дворян; митрополит Руисский Иустиний (Магалашвили) – 46 сёл, владения 21 князя и 95 дворян; митрополит Цилканский Иоанн (Карумидзе) – 46 сёл, а также поселения живших в горных районах мохевцев, мтиульцев, гудамакарцев, хандохевцев, чартлинцев, владения 14 дворян; митрополит Урбнисский Иулон (Юлон) (Тухарели) – 20 сёл, владения пяти князей и восьми дворян; епископ Самтависский Гервасий (Мачавариани) – 17 сёл, владения князя и восьми дворян; епископ Никозский Афанасий – 18 сёл. Паству митрополита Бодбийского Иоанна (Макашвили) составляло население 31 села и владений 28 князей; митрополита Ниноцминдского Михаила – население 30 сёл и владений князя; архиепископа Руставского Стефана (Джорджасдзе) – население восьми сёл и владений князя; митрополита Некресского Амвросия (Микадзе) – население 14 сёл и владений пяти князей. По данным главнокомандующего в Грузии генерала Александра Петровича Тормасова (1808–1811 гг.), предоставленным в начале 1811 г. правительству, в 13 епархиях Картли и Кахети числилось 2218 семей церковных крестьян; девяти архимандритиям принадлежало 637 монастырских крестьян; доходы картлийских епархий (Мцхетской, Самтавройской, Руисской, Урбнисской, Цилканской, Никозской) составляли около 1696 серебряных рублей, кахетинских (Алавердской, Ниноцминдской, Руставской, Некресской, Бодбийской) – 9500 руб.; действующими оставались 799 церквей, в которых числились 746 священников, 146 диаконов и 661 церковнослужитель. Указом Александра I от 1 июля 1811 г. было упразднено пять архимандритий; Бодбийская епархия преобразова в архимандритию. Таким образом, в Восточной Грузии действующими остались пять архимандритий: Кватахевско-Шиомгвимская, Кахетинская, Бодбийская, Давидгареджийская и Иоанна Крестителя (Натлисмцемельская). Ввиду низкой доходности одни монастыри были упразднены (например, Икорта, Тирсский, Ларгвиси), другие преобразованы в часовни (Некреси, Анагрский, Магаройский, Авчальский), некоторые, напротив, расширены (Самтавро, Бодбе). В 1814 г. восстановлен монастырь Шуамта, в 1822 г. экзарх архиепископ Феофилакт на территории дворца царицы Дареджан в Тифлисе основал Преображенский монастырь. В 1811–1814 гг. Духовная дикастерия Грузинского Экзархата, 30 августа 1814 г. преобразованная в Грузино-Имеретинскую синодальную контору, занималась сбором документов, отражающих имущественное положение монастырей и церквей Восточной Грузии, а также приписанных к ним крестьян.