Были составлены описания монастырей Бодбе, Алаверди, Хирса, церквей Анагрской, Магаройской, Авчальской, Метехи и др. 30 августа 1814 г. в связи с увеличением епархий Восточной Грузии с двух до трёх возникла необходимость создать ещё одну архимандритию. Под Телави из-за близости к городу был восстановлен монастырь Шуамта, до этого входивший в ту же архимандритию, что и монастырь Натлисмцемели. Настоятель обители (имя исследователям неизвестно) замещал архиепископа Телавского и Грузино-Кавказского и управлял епархией, когда тот был в отъезде. В 1818 г. экзарх архиепископ Феофилакт с согласия Святейшего Синода издал распоряжение о коммутации церковных налогов. Согласно новой налоговой системе, поместные налоги (гала, кулухи), налоги паствы (драма, сахуцо) и др. должны были быть внесены деньгами. Величина налогов в результате пересчёта увеличилась почти вдвое, это вызвало протесты среди населения. В 1819–1820 гг. в кахетинских сёлах Бодбе, Бодбисхеви был раскрыт заговор крестьян, отказавшихся платить денежный налог вместо натурального. Недовольство выразили и прихожане тифлисских церквей, которые были вынуждены платить пошлину за исповедь и причастие. При экзархе Грузии архиепископе Ионе (Василевском; 1 октября 1821 г. – 5 марта 1832 г., с 22 августа 1828 г. – митрополит) была продолжена реорганизация церкви в Грузии, подразумевавшая в том числе секуляризацию, требовавшую полного описания церковного имущества и уточнения доходов священно- и церковнослужителей. В 1820 гг. была подготовлена опись, согласно которой число церковных крестьян мужского пола в Картли-Кахети составило 14,7 тыс. душ, доходы, полученные от их налогов, – 30 тыс. руб. По другим данным, в 1830 г. в Восточной Грузии проживала 4021 церковная семья и доходы, полученные от них, составляли 25 124 руб. 70 коп. По описи 1826 г., 108 семей так называемых церковных дворян в Картли-Кахети владели 552 семьями крепостных. Несмотря на попытки, власти не смогли уточнить их доходы. 8 июля 1847 г. по решению императора Николая I имущество карталино-кахетинских церковных дворян, управлявших землями церкви, стало собственностью казны. Первый этап секуляризации земель в Восточной Грузии прошёл в 1811–1841 гг. и затронул в том числе и церковное имущество. По решению 4 ноября 1828 г. церковные крестьяне, находившиеся в ведении Грузино-Имеретинской синодальной конторы и платившие налоги за пользование церковной землёй в казну, а также церковные земли временно (до 1852 г.) поступили в распоряжение городского управления. На втором этапе секуляризации (1843–1853 гг.) 6150 семей (46 150 душ) церковных крестьян Восточной Грузии перешли в казённое ведомство Тифлисской губернии. По другим данным, в это время в Картли-Кахети было 6126 семей (45 873 души) церковных крестьян. Церковные земли в этот период занимали 279 десятин. В 1853 г. церковное имущество Восточной Грузии перешло в распоряжение казны, церковные крестьяне имели прежний статус. В 1869 г., во время третьего этапа секуляризации, церковное движимое и недвижимое имущество перешло в собственность казны. Церковные крестьяне были описаны как государственные и обложены государственными налогами. После реорганизации в Карталино-Кахетинской епархии уменьшилось число приходских церквей и духовенства.