На родине учёного, при школе в деревне Лаша, 19 декабря 1964 г. был открыт мемориальный музей Е.Ф. Карского. Его имя носят Гродненская областная научная библиотека (первая в Белоруссии публичная библиотека), лашанская школа и гродненская гимназия №1, улица в Гродно. В 1996 г. в Белоруссии для студентов-филологов была учреждена стипендия имени Е.Ф. Карского. Наследие Е.Ф. Карского включает более 1050 работ и около 20 публикаций в соавторстве. Его исследования характеризуются энциклопедичностью, широтой фактологической базы, выверенностью методологии, основательностью научных результатов. Е.Ф. Карский внёс значительный вклад в изучение восточнославянской книжности, исследовал древнейшие памятники восточнославянской письменности (Архангельское, Галицкое, Добромирово, Мирославово,  Молканово, Мстиславово, Остромирово, Реймсское, Юрьевское Евангелия, Минеи 1096 и 1097 гг. и др.), западнорусские Псалтири. Е.Ф. Карский работал в архивах и книгохранилищах Варшавы, Вильны, Киева, Москвы, Санкт-Петербурга, Слуцка, исследовал документы Троице-Сергиевой лавры, изучал собрания рукописей за пределами Российской империи. Велики его заслуги в издании памятников письменности и летописей. Результаты археографических исследований Е.Ф. Карского нашли отражение в докторской диссертации «Западнорусские переводы Псалтири в XV–XVII вв.», в монографии «Очерк славянской кирилловской палеографии» (1901, 1915 гг.) и в обобщающей работе «Славянская кирилловская палеография» (1928 г.). В главном труде Е.Ф. Карского – «Белорусы» (1903–1922 гг., три тома) – исследованы особенности языка, устного народного творчества и письменности, литературы и духовной культуры белорусского народа. Представленная в сочинении общая концепция истории белорусской народности, равно как и частные положения труда, служат методологической основой для работ учёных-белорусистов. В первом томе исследования («Введение в изучение языка и народной словесности») на основе исторических, географических, антропологических, археологических, этнологических, филологических данных освещается формирование белорусского этноса. История белорусского языка и письменности рассматривается в сопоставлении с данными по истории языков и литератур русского, украинского, польского и других народов. Первый том также включает обзор трудов, посвящённых белорусскому языку, фольклору и письменности. Второй том («Язык белорусского племени») состоит из трёх книг: «Исторический очерк звуков белорусского наречия» (1908 г.), «Исторический очерк словообразования и словоизменения в белорусском наречии» (1911 г.), «Очерк синтаксиса белорусского наречия» (1912 г.). Третий том («Очерки словесности белорусского племени») также включает три книги: «Народная поэзия» (1916 г.), «Старая западнорусская письменность» (1921 г.) и «Художественная литература на народном языке» (1922 г.). Труд Е.Ф. Карского заложил основу для изучения истории словесности на белорусских землях и становления белорусской национальной литературы.