В революционный период Е.Ф. Карский оказался вовлечён в процесс культурно-политического самоопределения белорусского народа. Был избран почётным председателем первого Всебелорусского съезда, состоявшегося 7–18 декабря 1917 г. в Минске. Постановлением коллегии Народного комиссариата просвещения Литовско-Белорусской ССР в 1919 г. Е.Ф. Карский был уволен с должности профессора Минского педагогического института, которую занимал с сентября 1918 г. 22 апреля 1919 г. Е.Ф. Карского арестовали, через день отпустили под подписку о невыезде. Летом того же года поляки оккупировали Минск, в этих условиях учёный отказался устраиваться на службу и в конце августа 1920 г. вернулся в Петроград. Е.Ф. Карский активно включился в организацию российской науки в новых условиях, был членом правления и Президиума Академии Наук, председателем словарной комиссии, председателем комиссии по русскому языку, редактором «Известий Отделения русского языка и словесности Российской академии наук» (с 1920 г.), директором Музея антропологии и этнографии (с 1921 г.), редактором и издателем первого тома «Полного собрания русских летописей» (Ленинград, 1926–1928 гг., три выпуска), сотрудником Научно-исследовательского института сравнительной истории литератур и языков Запада и Востока, профессором Петроградского университета (с 1924 г. – ЛГУ). Совместно с Владимиром Ивановичем Пичетой (Москва) и Осипом Леонтьевичем Дыло (Минск) Е.Ф. Карский разрабатывал устав Института белорусской культуры (Инбелкульт), позднее преобразованного в Белорусскую Академию Наук, в 1922 г. стал действительным членом Инбелкульта. Е.Ф. Карский возглавлял комиссию по созданию Белорусского государственного университета, после открытия университета передал в 1922 г. ему в дар свою библиотеку. В 1924 г. участвовал в первом Международном съезде славянских географов и этнографов в Праге, в 1925 г. стал почётным членом Общества любителей российской словесности, в 1927 г. – почётным членом Общества любителей письменности и искусства, в 1929 г. – почётным членом Чешского королевского научного общества. С 15 мая по 1 сентября 1926 г. находился в научной командировке в южнославянских странах. Во второй половине 1920 гг. Е.Ф. Карский стал подвергаться травле в белорусской и в центральной советской прессе как «осколок царского режима», проводник политики «насильственного обрусения», «шовинист», «черносотенец». В 1929 г. был уволен с должности директора Музея антропологии и этнографии. Похоронен на Смоленском кладбище Ленинграда. Часть архива Е.Ф. Карского была утрачена в 1915 г., при эвакуации Варшавского университета, сохранившиеся материалы находятся в Санкт-Петербургском филиале Архива Российской Академии Наук. Библиотека Е.Ф. Карского хранится в Национальной библиотеке Республики Беларусь.