17 сентября 1891 г. Е.Ф. Карский выдержал магистерский экзамен на историко-филологическом факультете Варшавского университета на степень магистра русской словесности, 24 октября 1893 г. защитил магистерскую диссертацию, основанную на своих ранее опубликованных трудах («Обзор звуков и форм белорусской речи» (1886 г.) и «К истории звуков и форм белорусской речи» (1893 г.)). Это была первая диссертация по белорусистике, её высоко оценили оппоненты Пётр Владимирович Владимиров и Тимофей Дмитриевич Флоринский. В феврале 1893 г. Е.Ф. Карский был назначен лектором русского языка на историко-филологическом факультете Варшавского университета, 26 июня следующего года утверждён в звании экстраординарного профессора кафедры русского и церковнославянского языков и истории русской литературы. 9 ноября 1896 г. в Московском университете Е.Ф. Карский защитил диссертацию на соискание степени доктора русской словесности «Западнорусские переводы Псалтири в XV–XVII вв.». 14 февраля следующего года ему было присвоено звание ординарного профессора Варшавского университета, к этому времени он преподавал в университете историю русского языка, историю народной русской словесности, славянскую грамматику и палеографию. В 1901 г. Е.Ф. Карский был избран членом-корреспондентом Отделения русского языка и словесности Императорской Академии Наук, в 1916 г. – действительным членом Российской Академии Наук. В 1902 г. был назначен деканом историко-филологического факультета Варшавского университета, в 1905 г. стал первым избранным ректором университета, переизбран на эту должность в 1908 г. Через два года Е.Ф. Карский подал в отставку, но продолжил преподавать в университете, выполнял также обязанности редактора-издателя «Русского филологического вестника». В 1915 г. вместе с преподавателями Варшавского университета эвакуировался в Ростов-на-Дону, в 1916 г., после избрания академиком, поселился в Петрограде. С 1896 г. Е.Ф. Карский входил в Археографическую комиссию Московского археологического общества, с 1898 г. являлся членом-корреспондентом Общества любителей древней письменности, с 1914 г. – почётным членом Историко-филологического общества при Новороссийском университете. О значимости его научной работы свидетельствуют награды: большая золотая медаль Русского географического общества «за учёные труды в области белорусской этнографии» (1894 г.), малая Ломоносовская премия Российской Академии Наук (1901 г.), полная премия имени Помпея Николаевича Батюшкова за первый том и первую книгу второго тома исследования «Белорусы» (1903, 1908 гг.), малая премия имени М.Н. Ахматова Отделения русского языка и словесности Академии Наук за вторую и третью книги второго тома того же исследования (1911, 1912 г.) и др. Е.Ф. Карский был удостоен орденов св. Станислава третьей и второй степени (1889, 1899 гг.), св. Анны третьей и второй степени (1895, 1903 гг.), св. кн. Владимира четвёртой степени (1911 г.), медалей «В память царствования императора Александра III» (1896 г.) и «В память 300-летия царствования Дома Романовых» (1913 г.). В 1907 г. получил чин действительного статского советника.