В ноябре 1963 г. папа Римский Павел VI расширил состав комиссии за счёт кардиналов, которые не являлись сотрудниками Римской курии, но имели большой опыт управления диоцезами. В конце второй сессии Собора 30 ноября 1963 г. папа Павел VI выпустил motu proprio «Pastorale Munus» (обнародован на закрытии сессии 3 декабря 1963 г.), которым были внесены изменения в ряд канонических норм, расширявших права и обязанности епископов по управлению диоцезами. Предпринятые папой изменения канонических норм основывались на выработанной в ходе соборных дискуссий позиции о пастырском служении епископов и роли епископата в жизни церкви. В декабре 1963 г. на совещании комиссии было решено приостановить деятельность комиссии до окончания Собора, чтобы учесть при подготовке реформы «Codex iuris canonici» все соборные решения, которые будут приняты. В апреле 1964 г. папа Павел VI вновь увеличил состав папской комиссии по пересмотру «Codex iuris canonici», включив в неё 18 кардиналов, трёх патриархов Восточных католических церквей, а также нескольких мирян-специалистов в области канонического права (в качестве консультантов). 20 ноября 1965 г. папа Павел VI на официальном открытии работы папской комиссии указал на необходимость создания «Codex iuris canonici» как основного закона католической церкви (lex fundamentalis), в котором должны содержаться главные канонические принципы и понятия, и призвал комиссию полностью пересмотреть концепцию «Codex iuris canonici» в соответствии с решениями второго Ватиканского собора, а не создавать новую редакцию «Codex iuris canonici» 1917 г. 15 января 1966 г. кардинал Пьетро Чириачи направил епископским конференциям и правящим епископам письмо с приглашением присылать комиссии предложения по реформе канонического права и кандидатурам специалистов, которых можно было бы привлечь для работы в комиссии. В конце января того же года в составе комиссии были образованы десять исследовательских групп, готовивших проекты (схемы) различных частей нового «Codex iuris canonici». В апреле 1967 г. новый председатель кардинал Перикле Феличи поручил центральному комитету комиссии разработать основные принципы реформы канонического права, которые в октябре того же года получили одобрение Всемирного Синода епископов. Помимо консультаций с епископами и специалистами комиссия должна была учитывать многочисленные изменения канонических норм, которые вносились папой Павлом VI для реализации решений второго Ватиканского собора. К 1977 г. комиссия подготовила рабочий проект «Codex iuris canonici», направив его для изучения епископским конференциям, генеральным настоятелям монашеских Орденов и конгрегаций, в учреждения Римской курии, папские университеты, институты и на богословские факультеты. 29 июня 1980 г. комиссия представила доработанный проект «Codex iuris canonici», в котором весь материал был сведён в единый корпус. Для его изучения папа Иоанн Павел II расширил состав комиссии, включив в неё представителей епископских конференций. 16 июля 1981 г. комиссия выпустила заключение по проекту «Codex iuris canonici», указав на необходимость внести изменения в отдельные каноны.