Ещё в 1906 г. посетивший Николо-Берёзовку Уфимский епископ Христофор (Смирнов) застал обитель, «терзаемую раздорами». В 1908 г. епископ Христофор лишил Анастасия игуменского звания и должности. Однако бывший игумен подал жалобу в Синод и после разбирательства был не только оправдан, но и награждён орденом св. Анны второй степени, а указом Синода от 21 апреля 1909 г. восстановлен в должности. Тем не менее, престарелый игумен Анастасий уже не мог должным образом управлять братией. Пьянство и упадок нравственной жизни иноков стали причиной сокращения пожертвований благотворителей, уменьшения числа богомольцев. Родители уже не хотели отдавать детей в миссионерскую школу, опасаясь дурного влияния нечестивых монахов (в 1912 г. число учеников уменьшилось до 30). В Камско-Берёзовском монастыре приостановились строительные работы, хозяйство было доведено «чуть не до окончательного разорения». При этом лесная дача в Пермской губернии «вследствие полной бесхозяйственности монастырской братии и отдалённости её от монастыря (сорок вёрст) подверглась беспощадному истреблению». 3 апреля 1912 г. епископ Нафанаил предложил Синоду ликвидировать мужскую обитель. Указом Синода от 28 мая 1912 г. монастырь был преобразован в Камско-Берёзовский Богородицкий миссионерский женский монастырь. Братия (игумен, пять иеромонахов, два иеродиакона, три монаха и схимонах) была переведена в другие монастыри Уфимской епархии, игумен Анастасий поселился в Одигитриевском монастыре Белебеевского уезд. Ядро новой общины Камско-Берёзовского монастыря составили 30 сестёр уфимского в честь Благовещения Пресвятой Богородицы женского монастыря – многолюдной и процветавшей обители. Настоятельницей стала игуменья Мария (Максимович). 20 июля 1912 г. новый Уфимский епископ Михей (Алексеев) торжественно «при громадном стечении народа из ближних и дальних селений – русских и марийцев» открыл женский монастырь. «Новооткрытая обитель, – писал архиерей в телеграмме на имя великой княгини Елизаветы по случаю открытия женского монастыря, – была воодушевлена самым горячим желанием послужить великим миссионерским задачам края среди окружающего её языческого населения чрез свои молитвенные подвиги, святость и чистоту жизни, просветительную и благотворительную деятельность». Вскоре было получено несколько телеграмм от великой княгини с пожеланиями новому монастырю «окрепнуть и возрасти в широкую плодотворную ниву». Летом 1914 г. великая княгиня Елизавета Фёдоровна вновь посетила Николо-Берёзовку и Камско-Берёзовский монастырь. 10 июля 1914 г. на пристани возле часовни состоялась торжественная встреча гостей, прибывших на пароходе «Межень». Вместе с великой княгиней Елизаветой Фёдоровной приехала её сестра принцесса Баттенбергская Виктория с дочерью, принцессой Луизой.