С 1901 г. в монастыре устраивались внебогослужебные беседы и народные чтения, состоявшие из докладов на актуальные церковные темы, в перерывах ученики школы исполняли церковные песнопения на черемисском (марийском) языке. За заслуги по духовному ведомству 14 апреля 1904 г. игумен Анастасий был награждён наперсным крестом, от «Св. Синода выдаваемым». Для осуществления своих проектов игумен Анастасий планировал перестроить небольшой монастырь и увеличить число насельников. К 1903 г. в обители проживало около 50 человек, в том числе четыре иеромонаха, два иеродиакона, три мантийных монаха. Братия имела смешанный национальный состав: помимо русских в обители подвизались 15 марийцев, два удмурта, чуваш. В 1903 г. игумен составил грандиозный план (со сметой до 240 тыс. руб.) строительства двухэтажного собора, колокольни со св. воротами и других зданий. 13–14 сентября 1903 г. временно управляющий Уфимской епархией Балахнинский епископ Нестор (Фомин) осуществил закладку каменного многопрестольного собора в честь Казанской иконы Божьей Матери, во имя Николая Чудотворца, Тихона Задонского, новопрославленного Серафима Саровского, в честь Воскресения Христова. При этом на место будущего храма была принесена Берёзовская икона святителя Николая. Летом 1904 г. началось строительство, а 5 июля 1909 г. Уфимский епископ Нафанаил (Троицкий) освятил в честь Воскресения Христова главный престол нижнего храма в строящемся соборе. По замыслу строителей нижний храм должен был стать усыпальницей; в день Пасхи крестный ход из верхнего храма, главный престол которого предполагалось посвятить Казанской иконе Божьей Матери (по другим сведениям, Серафиму Саровскому), сходил бы в нижний, возвещая и «сущим во гробех» радость Воскресения. В освящении участвовал и ректор Уфимской духовной семинарии архимандрит Мефодий (Краснопёров). Строительные работы требовали больших затрат. На пароходной пристани была поставлена монастырская часовня, где пред копией Берёзовской иконы святителя Николая для пассажиров служились молебны, пожертвования от которых летом приносили до 1500 руб. В 1905 г. монастырю было выделено казной к имеющимся 150 десятинам ещё 147 десятин лугов. Своё пожертвование прислал протоиерей Иоанн Кронштадтский. Среди благотворителей Камско-Берёзовского монастыря были и житель Николо-Берёзовки земский начальник С.В. Мацнев с супругой. На средства семьи Мацневых содержались школьный учитель и 15 учеников. Сарапульский купец Николай Васильевич Смагин в 1909 г. пожертвовал 3 тыс. кирпичей, 100 пудов хлеба и 1950 руб., в 1911 г. – 100 пудов ржаной муки. В 1909 г. купец города Тетюши Казанской губернии А.И. Пушков пожертвовал 200 руб. на монастырь и 200 руб. на содержание учеников школы. Священник Феодор Комаров пожертвовал 40 руб. в виде ежегодной стипендии на содержание одного из учеников миссионерской школы. Тем не менее, средств на строительство монастыря и развитие миссионерского дела не хватало. Между тем ещё в 1903 г. духовенство Уфимской епархии разработало проект официальной Уфимской миссии среди язычников, которых в северных волостях Бирского и Белебеевского уездов насчитывалось более 100 тыс. человек.