Поскольку в 1881–1893 гг. Успенский монастырь был приписан к архиерейскому дому, Камско-Николаевское подворье в этот период именовалось подворьем Уфимского архиерейского дома. В 1880 г., при иеромонахе Павле, на средства П.Д. Дягилева на верхнем этаже братского корпуса была устроена и осенью 1881 г. освящена домовая церковь во имя Николая Чудотворца. За труды по благоустройству подворья 27 октября 1881 г. иеромонах Павел был награждён набедренником, а 25 февраля 1885 г. – наперсным крестом. С 1896 г. подворье возглавлял иеромонах Макарий, с 1899 г. – иеромонах Герман. В конце XIX в. в обители проживало от двух до десяти человек братии. По ходатайству Уфимского епископа Антония (Храповицкого) указом Синода от 19 декабря 1900 г. обитель была преобразована в заштатный «общежительный монастырь с наименованием Богородицким» – в честь Казанской иконы Божьей Матери. 18 февраля 1901 г., в Неделю Торжества Православия, в присутствии местных властей и при большом стечении народа состоялось его открытие. Были отслужены всенощное бдение и литургия, молебен Спасителю и Божьей Матери с крестным ходом вокруг монастыря; прочитаны две молитвы – «на обновление храма», посвящённого Казанской иконе Божьей Матери, и краткая молитва XVII в. «о начале монастыря». В монастырской церкви был помещён список местночтимой иконы Николая Чудотворца (Николы Берёзовского), хранящийся в Троицком храме села Николо-Берёзовка. Этот образ почитался не только православными, но и местными мусульманами. Предполагалось, что главной целью учреждения Камско-Берёзовского монастыря должно было стать распространение православия среди язычников (удмуртов, черемисов-марийцев, отчасти чувашей) и мусульман (татар и башкир) Уфимской и Вятской губерний, в том числе через подготовку грамотных миссионеров. От государства Камско-Берёзовский монастырь получал скромное финансирование – 300 руб. «на призрение крещаемых при монастыре инородцев». Миссионерский период истории монастыря связан, главным образом, с деятельностью первого настоятеля – игумена Анастасия, выходца из черемисской (марийской) семьи, педагога и ревностного миссионера, ученика Николая Ивановича Ильминского. В январе 1901 г. игумен Анастасий прибыл в Камско-Берёзовский монастырь и уже 19 марта 1901 г. в помещении монастырской гостиницы открыл черемисскую церковноприходскую миссионерскую школу. В 1901 г. обер-прокурор Синода Константин Петрович Победоносцев отмечал, что «из миссионерских учреждений в Уфимской епархии заслуживает внимания Камско-Берёзовский Богородицкий миссионерский монастырь – этот ещё недавно возникший монастырский стан. При монастыре имеется миссионерская школа, в которой в первый год обучалось 52 мальчика: дети ежедневно бывали за литургией и вечерним правилом в монастырской церкви, а в праздники и за бдением, составляя из себя хор певчих. Длительное, в три – четыре часа, монастырское бдение дети примерно выстаивают, и ученики-язычники подают в этом отношении даже пример».