В начале XVI в. была предпринята новая попытка реформировать Орден камальдулов. В созданной в 1513 г. Конгрегации Сакро-Эремо и Сан-Микеле были вновь объединены общежительные монастыри и отшельнические обители камальдулов. Главу конгрегации избирали раз в три года, представители киновитов и отшельников на этой должности сменялись на регулярной основе: если два срока подряд во главе конгрегации находился киновит, на следующий срок капитулу надлежало избрать монаха-еремита. Создание новой конгрегации было утверждено папой Римским Львом X (булла «Etsi a summo»). Обновлённая конгрегация в XVI в. значительно возросла: в 1569 г. к ней были присоединены обители упразднённой конгрегации монастыря Фонте-Авеллана (см. Доминик Лорикат), а Камальдульской конгрегации Сакро-Эремо и Сан-Микеле отошли монастыри в Риме, Мантуе, Кремоне, Комо. Работа над реформированием конгрегации камальдулов привела к созданию нескольких новых уставов. Так, в 1520 г. приор Паоло Джустиниани издал «Правила жизни монахов-еремитов» («Eremitice vite regula»). Уставы общежительных монастырей были унифицированы в опубликованных в 1572 г. «Речах и наставлениях отцов камальдульского ордена касательно Устава преподобного Венедикта» («In Regulam Divi Patri Benedicti declarationes et constitutiones Patrum ordinis camaldulensis»), составленных доминиканцем Винченцо Эрколано (Геркулани). В начале XVII в. противоречия между камальдулами-еремитами и камальдулами-киновитами вновь обострились и привели к распаду Конгрегации Сакро-Эремо и Сан-Микеле (1616 г.). Камальдоли и ещё три отшельнические обители образовали конгрегацию еремитов Тосканы. Немногочисленная конгрегация еремитов Тосканы увеличилась в XIX – начале XX вв., когда в её состав вошли монастыри, расположенные в Бразилии и во Франции. Около сорока общежительных монастырей камальдулов составили воссозданную в 1617 г. Конгрегацию Сан-Микеле. Охватывавшая исключительно итальянские монастыри конгрегация сильно сократилась в XVIII–XIX вв.: папы Римские проводили политику упразднения мелких монастырей, крупные обители нередко захватывали представители светской власти. Новый кратковременный подъём Конгрегации Сан-Микеле был связан с покровительством занявшего Папский престол камальдула Григория XVI (1831–1846 гг.). В начале XX в. конгрегация находилась в упадке. В 1935 г. апостольской конституцией «Inter religiosos coetus» от 2 июля 1935 г. папы Римского Пия XI киновиты и конгрегация еремитов Тосканы были объединены в Камальдульскую конгрегацию Ордена бенедиктинцев. В XVI–XVII вв. оформилось несколько новых независимых ответвлений конгрегации. В 1520 г. приор Камальдоли Паоло Джустиниани покинул конгрегацию и направился в горы в Тоскане с намерением создать новую отшельническую обитель со строгим уставом. Папа Римский Лев Х разрешил ему основывать новые еремитории и реформировать уже существовавшие. Вскоре Джустиниани основал Конгрегацию камальдульских отшельников Монте-Короны, которую папа Римский Климент VII официально признал в 1524 г. В основу конгрегации, объединившей ряд независимых от Камальдоли еремиториев, лёг «Устав отшельнической жизни» («Regula vitae eremiticae»), изначально составленный Джустиниани для отшельников Конгрегации Сакро-Эремо и Сан-Микеле. Новая редакция «Устава отшельнической жизни» была издана в 1670 г. Монахи конгрегации получили особые одеяния: короткую, чуть ниже колена, сутану с капюшоном и короткий плащ. В 1540 г. обитель Монте-Корона была присоединена к Камальдоли, но уже через год вновь обрела автономный статус.