В 1113 г. буллой «Gratias Deo» папа Пасхалий II установил прямое подчинение всех обителей, принявших устав камальдулов, приору монастыря Камальдоли. Орден камальдулов получил название Камальдульская конгрегация Ордена бенедиктинцев; впоследствии эта булла была подтверждена папскими постановлениями 1153 и 1184 гг. Наличие в конгрегации богатых и влиятельных монастырей (например, Сан-Аполлинаре-ин-Классе близ Равенны, Санта-Мария-делла-Берарденга близ Сиены, Санта-Мария-делла-Вангадицца в Бадия-Полезине), а также сосуществование обителей с разными укладами жизни способствовали развитию тенденции к децентрализации Ордена в XIII в. В 1239 г. в Падуе был созван первый генеральный капитул камальдулов, реформировавший систему управления конгрегацией. Согласно постановлениям капитула, глава камальдулов (pater ordinis) должен был избираться на капитуле представителями входивших в конгрегацию монастырей, избранный кандидат становился также приором монастыря Камальдоли. Представители главы Ордена на местах (визитаторы и дефиниторы) следили за выполнением устава камальдулов в обителях. Было принято решение о ежегодном созыве генеральных капитулов (регулярно они стали собираться, по мнению исследователей, только после 1271 г.). В этот период оформилась богослужебная традиция камальдулов. В 1253 г. конвент Ордена одобрил сборник чинов монастырских служб («Vetus ordo divinorum officiorum»). Основная часть сохранившихся рукописей богослужебных книг относится к XIV–XV вв. (исключение – пассионарий XI/XII в.). Первый печатный бревиарий камальдулов («Breviarium ordinis camaldulensis») был составлен в 1484 г., самый ранний из известных исследователям миссалов – «Missale monasticum secundum ordinem Camaldulensis» – в 1503 г. В XIII–XIV вв. большинство монастырей конгрегации камальдулов стали общежительными, связь между обителями с различными укладами жизни постепенно ослабевала. Реформа XIII в., децентрализовав управление Ордена, не решила основных проблем, связанных, главным образом, с тем, что конгрегация состояла из чрезвычайно разнородных элементов. Попытки новой реформы Ордена камальдулов (наиболее активно в этом направлении действовал в 1431–1439 гг. итальянский богослов и гуманист Амброджо Траверсари) не увенчались успехом, с XV в. началось разделение камальдулов на несколько независимых конгрегаций. Конгрегация с центром в монастыре Сан-Микеле-ди-Мурано в Венеции стала первым ответвлением Ордена камальдулов. Монастырь был основан в начале XIII в.; из отшельнического став общежительным, к XIV в. монастырь превратился в один из самых влиятельных в городе. В 1407 г. монахи Сан-Микеле получили право избирать аббата (затем его кандидатуру утверждал приор камальдулов). В 1446 г. представители девяти общежительных монастырей Венеции, Пизы, Флоренции, Сиены и Болоньи признали главенство аббата Сан-Микеле и объявили об унии в рамках Ордена камальдулов. В 1474 г. решением папы Римского Сикста IV монастири Сан-Микеле и Сан-Маттео на острове Мурано, а также аббатство Санта-Мария-делле-Карчери близ Падуи были объединены в особую конгрегацию, лишь формально зависевшую от приора Камальдоли. К концу XV в. Венецианская конгрегация охватила практически все общежительные монастыри камальдулов. Во власти приора Камальдоли осталось лишь несколько отшельнических обителей, объединившихся в Конгрегацию Сакро-Эремо.