Старейшая в Калужской области организация пятидесятников, действующая с начала 1970 гг., находится в Малоярославце – Объединённая церковь христиан веры евангельской (пятидесятников); в этом городе большую часть жизни прожил начальствующий епископ по России, странам СНГ и Балтии Иван Петрович Федотов (1929–2011 гг.). Две другие организации появились в области после 1991 г. и входят в Российскую церковь христиан веры евангельской (церковь «Благодать») и в Российский объединённый союз христиан веры евангельской (церковь «Слово жизни»). В Калужской области зарегистрирован Малоярославецкий миссионерский центр христиан веры евангельской (ХВЕ). В Калуге и Обнинске отмечена деятельность ряда протестантских групп, близких к ХВЕ: «Часовня на Голгофе», «Дом горшечника», «Краеугольный камень». Объединения адвентистов седьмого дня зарегистрированы в Калуге, Обнинске, Людинове и Кременках. Они поддерживают контакты с Заокской духовной академией (Тульская область). В Калужской области зарегистрированы две общины христиан полного Евангелия. Новоапостольская церковь имеет две зарегистрированные общины в Калуге и Обнинске. Церковь Иисуса Христа святых последних дней (мормоны) действует в Калуге продолжительное время, привлекаются миссионеры из США. Свидетели Иеговы имеют на территории Калужской области одну зарегистрированную организацию, но общины существуют во многих населённых пунктах, ведётся активная деятельность. С конца XVIII в. большое число мусульман попадает в Калужскую губернию в качестве ссыльных или военнопленных. Среди них были и крупные политические деятели, такие как последний крымский хан Шагин-Гирей, султан Букеевской Орды Аригази-Абдул-Азиз (Арунгиз Абдулгазиев), имам Дагестана и Чечни Шамиль, хивинские сановники диван-беги Магомед-Мурад и есаул-баши Рахметулла. Со второй половины 1850 гг. в губернии (преимущественно в уездных городах) под надзором полиции проживали ссыльные горцы Кавказа, их численность в начале ХХ в. составляла около ста человек. Важной страницей в истории Калужского края стала высылка сюда в 1912 г. влиятельных суфийских шейхов (см. Суфизм) Баматгирея-хаджи Митаева, Батал-хаджи Белхороева, Сугаипа-муллы Гойсумова, Чимирза-хаджи Хамирзаева и др. Их последователи и потомки до сих пор живут на Северо-Восточном Кавказе, в их среде бытуют предания о пребывании шейхов в Калуге. Постоянно проживавших в губернии мусульман в конце XIX в. насчитывалось около 170 человек, в основном, это были татары. В настоящее время шиитское направление ислама (см. Шииты) в Калужской области исповедуют азербайджанцы, имеющие зарегистрированные национально-культурные объединения и неофициальных религиозных лидеров. Суннитское направление (см. Сунна) представлено как ханафитами (татары, выходцы из Средней Азии), так и шафиитами (уроженцы Дагестана, чеченцы, ингуши). Есть информация о существовании групп последователей суфизма. В 2001 г. в Калуге была зарегистрирована мусульманская организация «Сунна», входящая в Духовное управление мусульман европейской части России (ДУМЕР). Она объединяет часть мусульман Северного Кавказа, русских мусульман и некоторых татар, проживающих в областном центре. Построен молельный дом.