В 1990 гг. в Калуге и Тарусе имелись общины Русской православной церкви за границей (РПЦЗ), было открыто братство Иова Почаевского. Все эти организации к началу 2000 гг. распались, частично их паства составила Калужскую епархию Истинно православной церкви Рафаила (пять общин) и Калужско-Обнинскую епархию Российской православной кафолической церкви (четыре общины). Бывший староста калужского прихода РПЦЗ Андрей Сиднев в 1997 г. организовал в Калуге незарегистрированную «катакомбную» общину одной из греческих старостильных юрисдикций. В 2012 г. в Калуге был построен Свято-Филаретовский храм в юрисдикции «Архиерейского синода» одной из ветвей РПЦЗ под руководством «архиепископа» Владимира Целищева. Незарегистрированная группа, насчитывающая несколько десятков человек, имеет в Калуге также домовую часовню в честь Иверской Мироточивой иконы Божьей Матери. Во второй половине XVIII – первой половине XIX в. на территории современной Калужской области появились ссыльные поляки, среди которых были и духовные лица. В 1768 г. в Калугу был сослан Краковский епископ «с товарищи», они пробыли здесь до 1772 г. В 1869 г. в Калуге открылась католическая часовня в частном доме на Дворянской улице (ныне улица Суворова), и был создан приход во имя Георгия Победоносца. В 1880 г. католическая община купила дом в Куковом переулке (ныне улица Первомайская, 6), перестроенный позднее под церковь. Главной святыней прихода являлся список Ченстоховской иконы Божьей Матери, почитаемый как чудотворный. В общине состояли до 1,5 тыс. человек гражданских лиц, около 700 военных. Храм был закрыт в середине 1930 гг. Возрождение римско-католической общины в Калуге началось в 1990 гг., с 1993 г. община состоит в ведении Ордена францисканцев. С 1996 г. действует небольшой храм во имя великомученика Георгия и Франциска Ассизского. В 2006 г. был образован Свято-Климентовский католический приход византийского обряда в Обнинске (этот приход не имеет постояного помещения, его члены собираются в квартирах). В 1863 г. в Калуге, в Черновском переулке (ныне улица Вилонова), была построена небольшая лютеранская церковь. Община состояла почти из 100 человек, в основном, немцев. С 1990 гг. в городе Балабанове действует община Евангелическо-лютеранской церкви. В XIX в. в Козельском уезде были отмечены общины молокан, в Калуге – группы отделившихся от молокан «воздыханцев». В 1880–1890 гг. в Тарусском, Козельском, Мещовском и других уездах жили хлысты и скопцы. С начала 1990 гг. в посёлке Воротынск Бабынинского района действует община молокан, в 2007 г. она снята с регистрации как религиозная организация и перешла на положение религиозной группы. Часть общины составляют молокане, приехавшие из Азербайджана. В конце XIX – начале ХХ вв. в губернии распространился штундизм, который трансформировался в баптизм (см. Баптисты). В Калуге, Обнинске, Малоярославце, Балабанове и Сосенском зарегистрировано семь организаций евангельских христиан-баптистов. В 2007 г. калужская община Евангельских христиан-баптистов (ЕХБ) отметила 90-летие. Инициативники (Совет церквей ЕХБ) имеют незарегистрированные общины в городах Калуга, Медынь и Балабаново. 16 зарегистрированных объединений христиан веры евангельской (пятидесятников) входят в три основные организационные структуры.