Служение Г.А. Каледы проходило втайне от властей. Если бы он открыто заявил о своём священничестве, то не мог бы получить необходимую по советскому законодательству регистрацию у уполномоченного Совета по делам религий. С этого момента в течение 18 лет Г.А. Каледа служил ежевоскресные и праздничные литургии, а также окормлял узкий круг духовных детей в своей квартире в районе метро «Речной вокзал». Здесь же совершались тайные венчания и крещения. На богослужениях Г.А. Каледа поминал патриарха Московского и всея Руси и митрополита Иоанна (Вендланда), т.е. с церковно-юридической точки зрения в его доме действовал незарегистрированный (нелегальный) приход РПЦ. В июне 1987 г. Г.А. Каледа перешёл на должность профессора-консультанта ВНИГНИ и стал обдумывать пути для выхода на открытое церковное служение, что стало возможным после изменения отношения советского государства к церкви. Со 2 октября 1990 г. по благословению патриарха Московского и всея Руси Алексия II Г.А. Каледа открыто служил в церкви во имя пророка Илии (Обыденной) в Москве. В том же году на учредительной конференции Союза православных братств Г.А. Каледа изложил свою концепцию православного просвещения. С 1991 г. являлся заведующим сектором просвещения и катехизации Отдела религиозного образования и катехизации Московского патриархата. Был одним из основателей и первым ректором (в феврале-мае 1991 г.) православных курсов катехизаторов (ныне Православный Свято-Тихоновский гуманитарный университет). В августе 1991 г. Г.А. Каледа был переведён на служение в храм во имя Сергия Радонежского в Крапивенском переулке, а с октября 1992 г. служил в Высокопетровском во имя святителя Петра, митрополита Московского, мужском монастыре (здесь с 1991 г. размещался Отдел религиозного образования и катехизации). Был назначен ключарём трапезного монастырского храма во имя Сергия Радонежского. По его благословению начался сбор материалов по истории Высокопетровского монастыря в ХХ в., были установлены связи с последними прихожанами и тайными монахинями высокопетровской общины 1923–1935 гг., в том числе со схимонахиней Игнатией (Пузик). Результатом этой деятельности стало прославление в 2000 гг. высокопетровских преподобномучеников Игнатия (Лебедева), Германа (Полянского) и Феодора (Богоявленского). Одним из первых среди священников Г.А. Каледа начал работать в тюрьмах. 6 октября 1993 г. он был назначен настоятелем возрождённого по его инициативе храма в честь Покрова Пресвятой Богородицы при Бутырской тюрьме. 8 июня 1994 г. Г.А. Каледа был возведён в сан протоиерея. Скончался после тяжёлой болезни в московской Боткинской больнице. Похоронен на Ваганьковском кладбище в Москве. Важнейшей составляющей христианского служения Г.А. Каледы было его церковно-литературное творчество, разнообразное по тематике и жанровому составу; ему принадлежат проповеди и проповеди-эссе, работы по православной апологетике в естественнонаучном аспекте, по христианской семейной педагогике, по миссионерской деятельности среди заключённых, церковно-исторические размышления, мемуары. В СССР работы Г.А. Каледы получили распространение в православном самиздате и были опубликованы после 1991 г. Главным апологетическим произведением Г.А. Каледы является «Библия и наука о сотворении мира: Опыт естественно-научного толкования книги Бытия», работа над которой началась ещё в 1961 г. (опубликована в 1996–1997 гг. в журнале «Альфа и Омега»).