Составленная Илиёй бар Шинайи двуязычная «Летопись» («Хронография»; 1018/1019 г.) является крупнейшим из восточно-сирийских исторических сочинений. Она сохранилась в единственной рукописи, современной автору (как полагают исследователи, частично автограф), где сирийский текст и арабский перевод по преимуществу самого Илии бар Шинайи приведены в параллельных столбцах. Труд состоит из двух частей: 1) хронологические таблицы, списки римских пап и Александрийских патриархов до Халкидонского собора, различных царских династий, в том числе Сасанидов (на основе данных Иакова Эдесского), католикосов Церкви Востока до IX в. включительно и собственно хроника восточно-сирийской церкви (главным образом, в Месопотамии) с 25 (от принципата Тиберия и царствованя в Эдессе Авгарей) до 1012 г. (по образцу «Хроники» Евсевия Кесарийского), часто с указанием источников напротив каждого абзаца анналов, благодаря чему сохранились заглавия многих утерянных работ (церковных хроник Нисибина и других городов Месопотамии, сирийского трактата по истории халифов, труда мусульманского учёного IX в. Абу Джафара Мухаммада аль-Хуваризми); 2) синхронистические таблицы и изложение методики согласования различных систем летосчисления, в том числе эры Йездигерда (с обзором иранских календарей и зороастрийских праздников, не зависимым от данных мусульманского энциклопедиста аль-Бируни) и эры хиджры. В «Летописи» приведены ценные сведения по эпохе Сасанидов, истории церкви в Персии и ранней истории курдов. Основное богословское сочинение Илии бар Шинайи «Книга доказательства истинности веры» (издано в немецком переводе по арабской рукописи, хранящейся в Ватикане, 1886 г.) состоит из четырёх частей: 1) триадологической против мусульман; 2) христологической против иудеев; 3) опровержения взглядов «мелькитов и яковитов» – против православных и монофизитов; 4) об исповедании и самоопределении «восточных», т.е. членов Церкви Востока (несториан). Вторая часть включает краткую историю Соборов; особое внимание уделено причинам, по которым Церковь Востока отвергает Эфесский собор 431 г. и осуждение Нестория. Илия бар Шинайя подчёркивает, что неприятие Церковью Востока именования Девы Марии Богородицей не означает умаления Её почитания. Назидательный характер носят сочинение «Устранение тоски» в 12 главах, посвящённое достижению душевного спокойствия, и «Изречения, полезные душе и телу».