Сочинение «О добродетели целомудрия» (издано: Аль-Машрик. 1968. Т. 62) направлено против возражений мусульманского писателя аль-Джахиза. Илия бар Шинайя составил очерк о значении арабских существительных «мироздание» и «бог». Сочинение о подлинности Евангелия «Пять сомнений и ответы на них» (не издано) обращено к Ибн Бутлану, с которым Илия бар Шинайя был близко знаком (в тексте именует его «наш шейх»). Особое место в наследии Илии бар Шинайи занимают апологетические «Собеседования» в семи главах – пересказ бесед на богословские и филологические темы, которые он вёл 5–29 июля 1026 г. в Нисибине с вазиром Насир ад-Даулы Абу Насра Ахмада, Абу-ль-Касимом аль-Хусайном ибн Али аль-Магриби, известным покровителем наук и искусств (записаны в Майафарикине после смерти вазира осенью 1027 г., с одобрения Абдаллаха ибн ат-Тайиба аль-Ираки; в качестве предисловия помещено письмо Илии бар Шинайи к его брату секретарю Абу-ль-Але Саиду ибн Сахлу); к беседам примыкает переписка Илии бар Шинайи с Абу-ль-Касимом аль-Магриби (издание с французским переводом готовят Х. Самир и М. де Фенойль). Будучи знатоком арабской культуры и одним из первых сирийских богословов, развернувших аргументированную полемику с исламом, Илия бар Шинайя подчёркивал, что притеснения христиан осуждаются мусульманскими законоведами, и склонен был даже утверждать, что главные расхождения между двумя религиями сводятся к непризнанию христианами пророческого достоинства Мухаммада, однако решительно отстаивал учение о Троице и Боговоплощении. Защита догматов христианства является также главным содержанием посланий «О единстве Творца и троичности Его лиц» и «О сотворении мира, единстве Творца и троичности Его лиц». В «Статье о блаженстве будущей жизни» подвергаются критике представления мусульман о загробном мире. Илия бар Шинайя составил грамматику сирийского языка для начинающих, снискавшую значительную популярность (о чём свидетельствуют многочисленные списки); приложением к ней служит «Книга толмача в обучении языку сирийцев»  – арабско-сирийский словарь, разбитый на 30 тематических глав, с глоссарием омонимов в конце (издано с латинским переводом, 1636 г.; издано в еврейской графике, 1879 г.).