В 1867 г. греки обратились с новой просьбой разрешить им за свой счёт возобновить собор как церковь с новым посвящением во имя великомученицы Екатерины. Получив разрешение, они начали ремонтные работы. В мае того же года при перемощении старого деревянного пола под правым клиросом была случайно вскрыта усыпальница Игнатия и обнаружены его нетленные мощи. В 1886 г. в Мариуполе торжественно отпраздновали 100-летие со дня его смерти. Городская дума постановила учредить стипендию в память Игнатия в Мариупольском духовном училище, выставить в зале думы его портрет, 16 февраля 1886 г., в день кончины Игнатия, отслужить панихиду на его гробнице. После установления советской власти церковь св. Екатерины в 1936 г. была разрушена, мощи святителя перенесли в подвал Мариупольского городского краеведческого музея. В 1942 г., во время оккупации города немцами, по инициативе греков мощи при участии многочисленного народа были перенесены в открытый в одном из жилых домов храм. При отступлении из города в сентябре 1943 г. немцы подожгли это здание. Уцелевшие останки Игнатия собрал иподиакон Василий Мултых (впоследствии протоиерей) и перенёс в Преображенскую церковь. В 1993 г., после завершения строительства и освящения кафедрального собора во имя Николая Чудотворца в Мариуполе, мощи были перенесены в этот храм. 11 июня 1997 г. решением Священного Синода УПЦ Игнатий был причислен к лику местночтимых святых. 15 ноября 1998 г. в соборе во имя Николая Чудотворца состоялся чин прославления Игнатия Мариупольского, торжество возглавил предстоятель УПЦ, митрополит Киевский и всея Украины Владимир (Сабодан). В 1999 г. часть мощей была перенесена в Бахчисарай. В честь Игнатия освящены престолы нескольких храмов в Мариуполе и Донецке и храм на территории Донецкого металлургического завода, построенный в 2003 г. В 1998 и 2008 гг. в Мариуполе были установлены памятники митрополиту. 30 ноября 2017 г. архиерейский Собор Русской православной церкви благословил общецерковное почитание Игнатия Мариупольского, митрополита Готского и Кафского, с включением его имени в месяцеслов.