Председатель Мариупольского греческого суда признал действия Игнатия по обустройству своей дачи незаконными и собрал толпу, которая снесла ограду и уничтожила сад. Митрополит после очередного богослужения попросил своих сторонников отделиться от противников и проклял последних. Конфликт продолжался вплоть до смерти Игнатия. Уже после его кончины мариупольские греки связывали многочисленные природные катаклизмы, в том числе частые засухи, с его проклятием. Скончался после двухнедельной болезни на своей даче. Готская и Кафская епархия с его смертью прекратила существование, а её приходы перешли в Феодосийско-Мариупольское викариатство Славянской и Херсонской (позже Екатеринославской и Херсонской) епархии. Погребён в Харалампиевском соборе Мариуполя, в кресле, в сидячем положении, по обычаю того времени и предсмертному завещанию. Над его могилой поставили памятник и вывезенную им из Крыма икону Георгия Победоносца. По приказанию викария Екатеринославской епархии Феодосийского епископа Дорофея (Возмуйлова) памятник был снят, а место погребения закрыто досками. Игнатий завещал своё имущество, значительная часть которого была привезена из Крыма, священникам и храмам Мариуполя и уезда. Однако греческий суд сразу после кончины Игнатия повелел запечатать его комнаты своей печатью и поставить караулы без согласования с родственниками покойного. Несмотря на ряд конфликтов, почитание Игнатия проявлялось при его жизни. Так, жители села Георгиевка, основанного в Приазовье пленными грузинами и валахами, выкупленными при переселении у крымских татар, переименовали село в Игнатьевку (ныне Староигнатовка Тельмановского района Донецкой области). Почитание Игнатия укрепилось среди потомков переселенцев. В Мариуполе с почестями встречали его племянника И.А. Гозадинова, приезжавшего из Крыма, а также внука Игнатия, названного в честь деда. В 1845 г. для Харалампиевского собора в Мариуполе было построено новое здание. Греки обратились с просьбой при переносе собора на новое место разрешить им перенести прах митрополита, но Синод не разрешил трогать останки покойного. В 1847 г. греки просили при сносе здания старого собора разрешить им за свой счёт поставить на месте погребения Игнатия памятник. Синод предложил вместо памятника устроить часовню, однако вопрос со сносом храма затянулся.