3 июня 1948 г. на Ивановскую кафедру был назначен Кишинёвский и Молдавский епископ Венедикт (Поляков), который безуспешно добивался открытия Введенской церкви в Иванове и храмов в Шуе, Родниках и Приволжске. Следующим Ивановским архиереем стал епископ Роман (Танг), занимавший кафедру с 23 июля 1956 г. по 9 декабря 1958 г. Сменивший его архиепископ Иларион (Прохоров) принял управление епархией в трудное для церкви время, когда начался новый этап гонений на неё со стороны государства. В 1961–1964 гг. в Ивановской области было закрыто 12 храмов (в 1961 г. – семь, в 1962 г. – два, в 1963 г. – два, в 1964 г. – один), из наиболее значимых – Троицкий собор в Кинешме, изъятый у верующих решением облисполкома 23 января 1964 г. и переданный Кинешемскому краеведческому музею (впоследствии там разместилась картинная галерея). К 1 января 1965 г. общее количество храмов в епархии сократилось до 44 и сохранялось почти неизменным до 1988 г. (в 1988 г. в епархии насчитывалось 45 храмов). В клире епархии к 1 января 1967 г. состояли 85 священнослужителей. В 1950–1970 гг. в Ивановской области продолжалось разрушение уже закрытых церквей. В первой половине 1950 гг. в связи с подъёмом уровня Волги из-за строительства Горьковской гидроэлектростанции под воду ушла часть Юрьевца, при подготовке к затоплению здесь снесли Благовещенскую церковь. В 1957 г. в Родниках был разрушен Ильинский храм, стоявший в центре города, на Красной площади (в 1968 г. на его месте построили кинотеатр «Родник» и памятник Ленину). Во второй половине 1960 гг. на площади Революции в Кинешме снесли Крестовоздвиженскую церковь (на её месте построен универмаг «Юбилейный»). 30 декабря 1976 г. в Иванове была взорвана Скорбященская церковь (на её месте предполагалось строительство спорткомплекса). Неоднозначной была деятельность митрополита Антония (Кротевича), управлявшего Ивановской епархией в 1964–1966 гг. По его инициативе городским властям Иванова было передано здание епархиального управления с домовым храмом. Митрополит Антоний отдал распоряжение сжечь епархиальный архив и библиотеку, часть книг последней (около 600 томов) была передана в библиотеки Иванова. Правящий архиерей провёл ряд перемещений священнослужителей, многие были отправлены за штат и запрещены в священнослужении, в 1964 г. митрополит Антоний упразднил должность благочинных с целью усиления личного контроля над духовенством. Но в то же время принял значительные меры к укреплению церковной дисциплины. 18 февраля 1966 г. в епархию прибыл новый епископ Поликарп (Приймак), менее инициативный, чем его предшественник. Мягкий в общении с духовенством и мирянами, он допустил ослабление церковной дисциплины. 30 июля 1968 г. епископа Поликарпа сменил на Ивановской кафедре архиепископ Феодосий (Погорский). В отличие от своих непосредственных предшественников он часто посещал приходы епархии. При нём возобновилась деятельность благочинных, значительные средства были направлены на ремонтно-реставрационные работы: в 1968 г. были отремонтированы 17 храмов, в 1969 г. – 29, в 1970 г. – 18 храмов. К 1 января 1971 г. в клире Ивановской епархии состояли 57 священников, 10 диаконов и 21 псаломщик. К 1 января 1976 г. число клириков уменьшилось и составило 54 священника, 6 диаконов и 16 псаломщиков. К 1 января 1988 г. в клире епархии состояли 61 священник, 20 диаконов и 9 псаломщиков.