В 1937 г. власти сфабриковали дело о «контрреволюционной группе» обновленческих архиереев и священников во главе с «архиепископом» Ивановской митрополии Александром Авдентовым, было арестовано 17 человек, в следующем году были расстреляны «епископ» Серафим Андриевский, протоиерей Михаил Тархов, протоиерей Александр Никитин, священник Пётр Щукин. Во время Великой Отечественной войны верующие Ивановской епархии обращались к властям с просьбами о возвращении храмов. По указанию Председателя Президиума Верховного Совета СССР Михаила Ивановича Калинина в 1943 г. в Ивановской области разрешалось открыть два храма. 17 ноября 1944 г. было получено разрешение Совета по делам Русской православной церкви на открытие Преображенской церкви в Иванове, храм был передан 7 января 1945 г., богослужение в нём возобновилось не сразу из-за крайне запущенного состояния здания. В течение 45 последующих лет Преображенский храм, с 1946 г. являющийся кафедральным собором епархии, оставался единственной действующей церковью в Иванове. В январе 1946 г. возобновилось богослужение в Никольской церкви в Шуе, до 1991 г. остававшейся единственным действующим храмом в городе. Решением Совета по делам РПЦ от 17 сентября 1946 г. были открыты Троицкий и Успенский соборы в Кинешме. В 1943–1944 гг. обновленческие приходы в Ивановской области перешли в юрисдикцию патриаршей церкви. В 1944–1948 гг. в Ивановской области было открыто сорок церквей (в 1944 г. – восемь, в 1945 г. – восемнадцать, в 1946 г. – девять, в 1947 г. – четыре, в 1948 г. – одна). К 1 января 1950 г. в епархии действовали 57 храмов, из них всего четыре в городах. В клире епархии состояли 66 священников и 14 дьяконов. В определении от 8 марта 1943 г. Патриаршего Местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского) Ивановская епархия называлась «вдовствующей». Горьковский и Арзамасский архиепископ Сергий (Гришин), которому раньше было поручено временное управление Ивановской епархией (как полагают исследователи, в 1942 г., когда архиепископ Сергий вступил на Горьковскую кафедру), был направлен в освобождённую от немецких войск Харьковскую епархию. В связи с этим приходы Ивановской епархии 8 марта 1943 г. были переданы во временное управление Ярославскому и Ростовскому архиепископу Иоанну (Соколову), с 24 апреля 1946 г. храмы Ивановской епархии находились в ведении Владимирского и Суздальского епископа Онисима (Фестинатова). Решением Священного Синода от 20 июня 1946 г. Ивановская область, «входящая в состав Владимирской епархии», была выделена в самостоятельную Ивановскую и Шуйскую епархию, во главе которой был поставлен епископ Кирилл (Поспелов). 27 января 1947 г. на Ивановскую кафедру был назначен епископ Пензенский и Саранский Михаил (Постников), епископ Кирилл перемещён в Пензенскую епархию. 19 июня 1947 г. был издан указ Священного Синода о назначении на Ивановскую кафедру Черниговского и Нежинского епископа Паисия (Образцова). 25 июня того же года бывший Ивановский и Кинешемский епископ Михаил (Постников) был арестован в Иванове, обвинён в том, что «восстанавливал духовенство и верующих граждан враждебно по отношению к советской власти». Особое совещание при МГБ СССР приговорило его к пяти годам заключения, которое он отбывал в тюрьме во Владимире. Вместе с епископом Михаилом были арестованы настоятель Преображенского кафедрального собора и другие священнослужители.