Последний настоятель скита иеромонах Серафим (Бобич) в 1970 г. застал в обители только двух стариков, младшему из которых было 85 лет. На службах Серафим поминал первоиерарха РПЦЗ митрополита Филарета (Вознесенского). Капитальный ремонт не производился, и многие постройки были частично разрушены. Стараниями иеромонах Серафима лишь были заменены обветшавшие окна, вставлены стёкла, перекрыты требующие ремонта крыши. Но скиту удавалось поддерживать некоторый порядок в парекклисионах, сохранять ризницу и библиотеку. Напрестольные кресты хранились в футлярах, а большие, окованные золотом Евангелия – в чехлах. В 1989 г. скончался духовник скита Илии пророка иеромонах Иоанн (Меландр). К 1992 г. в скиту проживали 4–5 насельников, в том числе иеромонах Серафим и иеромонах Иоанникий, опубликовавший в 1990 г. в журнале «Русское возрождение» (№ 50) статью к 1000-летию русских на Афоне. Отец Иоанникий проводил работу по поискам на Афоне рукописей Паисия (Величковского). По представлению скита преподобный Паисий был канонизирован РПЦЗ как местночтимый святой. В 1992 г. братия скита Илии пророка, не поминавшая на службах Константинопольского патриарха, была изгнана с Афона. 18 мая 1992 г. вечером на Афон прибыли посланники Константинопольского патриарха: митрополит Афанасий Илиупольский и Мелитон Халкидонский. Утром состоялось заседание Кинота, на котором рассматривались введение общежительного устава в монастыре Пантократор, поставление игумена, удаление старой и заселение в обитель новой братии. 20 мая, после нового заседания Кинота, экзархия отправилась в монастырь, а затем вместе с полицией в скит Илии пророка. Четырёх насельников скита в течение часа вывезли за пределы Афона в Урануполи. В том же году скит Илии пророка был заселён общиной греческих монахов из скита Благовещения Пресвятой Богородицы, принадлежащего монастырю Ксенофонт. В скиту Илии пророка был введён общежительный устав, проведены некоторые преобразования: храм Митрофана Воронежского переименован в Иоакимовский, все надписи на русском языке закрашены. По свидетельству английского профессора Николая Феннелла, из скита исчез архив, который он ранее перефотографировал. Председатель ОВЦС МП митрополит Смоленский и Калининградский Кирилл (ныне Патриарх Московский и всея Руси) в письме от 28 января 2003 г. митрополиту Филадельфийскому Мелитону, занимавшему должность Генерального секретаря Священного Синода Константинопольского патриархата сообщил: «После подобной силовой акции Свято-Ильинский скит на Афоне, созданный трудами монахов и жертвователей из России, оказался недоступным более для русских иноков». К 2003 г. в скиту Илии пророка проживало 15 монахов, дикей – архимандрит Иоаким. Кириакон, центральный храм скита, представляет собой характерную постройку в византийском стиле, распространённом в русском храмостроении в середины XIX – начала ХХ в. Построен в 1900–1914 гг. по проекту одесского епархиального архитектора Льва Фёдоровича Прокоповича. Главный престол освящён во имя пророка Илии, правый придел – апостола Андрея Первозванного, левый – мученицы Александры. Храм, облицованный афонским камнем и серым мрамором, остался нерасписанным. Четырёхъярусный иконостас (как и иконостасы в приделах) был изготовлен в Москве на фабрике Фроловых. Кириакон скита Илии пророка – второй по величине храм Святой Горы (длина 54 м, ширина 34 м, высота 36 м) после собора русского Андреевского скита (1867–1900 гг., архитектор Михаил Арефьевич Щурупов).