Середина XIX в. стала временем кризиса архаичной османской экономики. Разорение мусульманских ремесленников и торговцев происходило на фоне процветания христианского «среднего класса», выступавшего посредником западных кампаний. Постоянным негативным фактором являлись нестабильность религиозно-этнических отношений и междоусобицы, которые провоцировала Порта. Социальная и конфессиональная напряжённость усугублялась отменой в 1850 гг. традиционных ограничений христианского культа. С этого времени допускались колокольный звон, установка крестов над церквами, пышные, с точки зрения мусульман, крестные ходы и другие христианские церемонии. Эти противоречия спровоцировали беспрецедентные по масштабам и числу жертв религиозные столкновения: друзско-маронитский конфликт 1841–1860 гг., погромы в Маалуле и Халебе 1850 г., дамасскую резню июля 1860 г. Особенной жестокостью отличалось истребление христиан в Дамаске: было убито несколько тысяч человек, сожжены все церкви в городе, а также патриаршая резиденция и находившаяся в патриархии библиотека древних рукописей и книг. Среди погибших был крупнейший писатель и проповедник того времени священник Юсеф Муханна аль-Хаддад (память жертв дамасской резни Антиохийская церковь ежегодно совершает 10 июля). Иерофей не пострадал, т.к. в тот момент находился за пределами Сирии. События вызвали возмущение всей христианской Европы, что дало повод Франции ввести войска в Ливан. В России были осуществлены благотворительные сборы в пользу жертв погромов – в течение месяца от открытия подписки было собрано и отправлено 18 тыс. рублей. Средства поступали в распоряжение созданного при генконсульстве в Бейруте Русского Комитета для оказания материальной помощи пострадавшим. Османское правительство, не желая давать повод для европейской интервенции, сурово наказало виновных и выплатило христианам значительную денежную компенсацию (65 тыс. турецких лир). Нецелевое использование Иерофеем поступивших в церковную казну средств вновь вызвало критику в арабо-православной среде. Ситуацию усугубил тот факт, что в 1864 г. правителем Румынии Александром Иоанном Кузой (1820–1873 гг.) был издан закон о секуляризации монастырских земель с уплатой единовременной компенсации святым местам, в результате чего Антиохийская церковь (в числе прочих Восточных церквей) лишилась значительных финансовых поступлений. В последней трети XIX в., по мере распространения в странах Леванта национальных идеологий, обострились противоречия между греческой иерархией и православными арабами. Арабская паства добивалась расширения своего участия в церковной жизни, выступая против греческой гегемонии в патриархате. Наиболее ярким проявлением греко-арабского антагонизма в 1860 гг. стал семилетний спор по поводу кандидатов на замещение Бейрутской кафедры. Иерофей дважды пытался поставить митрополитом Бейрута архимандрита-грека из своего окружения, однако из-за бурных протестов арабского населения был вынужден отказаться от своего намерения, и возвёл в митрополиты араба Гавриила (Шатилу), настоятеля Антиохийского подворья в Москве (1870 г.). После одностороннего провозглашения в феврале 1872 г. автокефального Болгарского Экзархата иерархи греческих поместных церквей собрались в Константинополе (сентябрь 1872 г.) и объявили Болгарскую церковь «пребывающей в схизме».