Российским дипломатам удалось добиться от Порты согласия лишь на то, чтобы патриарх был избран Иерусалимским Синодом из рядов палестинского клира. Новым патриархом стал архиепископ Лиддский Кирилл (Кирилл II; 1845–1872 гг.), а Иерофей остался в Константинополе в качестве его представителя и управляющего имениями Святого Гроба в Дунайских княжествах. В ночь на 24 июня 1850 г. в Дамаске скончался Антиохийский патриарх Мефодий (1823–1850 гг.), а 9 октября того же года его преемником был избран Иерофей. Из переписки русских дипломатов исследователям становится ясно, что посланник в Константинополе Владимир Павлович Титов (1807–1891 гг.) и бейрутский генконсул Константин Михайлович Базили (1809–1884 гг.) «проводили» Иерофея как «свою» кандидатуру. Московский митрополит Филарет (Дроздов) сообщал, что клир Антиохийской православной церкви через посредство Иерофея передал Константинопольскому патриарху и Синоду прошение о назначении преемника почившему патриарху Мефодию без указания имени, однако адресату послание было доставлено уже со вписанной в него кандидатурой Иерофея. Архимандрит Порфирий (Успенский), начальник Русской духовной миссии в Иерусалиме, писал, что Иерофей был избран старанием Синайского архиепископа Констанция и консула К.М. Базили. Бывший Константинопольский патриарх архиепископ Констанций, будучи управляющим в 1840–1850 гг. делами Антиохийской церкви в Константинополе, получал на имя Константинопольского патриарха письма из Дамаска о выборе кандидата. Вероятнее всего, Иерофей был занесён в «списки» Константинопольского патриархата в качестве «потенциального патриарха», и ему оставалось лишь терпеливо дожидаться, когда «за послушание» грекам-фанариотам придёт пора вступить на ту или иную из освободившихся кафедр. 30 марта 1851 г. новый патриарх прибыл в Дамаск. Как только дамасские христиане узнали, что все деньги, оставшиеся от предшественника, Иерофей, по его словам, израсходовал на выборы, они в знак протеста разобрали крышу недостроенной патриаршей церкви. Когда прибывший из Бейрута К.М. Базили пытался усмирить их именем русского императора, ему было сказано, что русских денег в Дамаске и не видели, т.к. все они поступают на нужды патриарха. В сентябре 1851 г. Иерофей воспользовался отсутствием патриарха Кирилла II и отправился в Иерусалим под предлогом свидания со своим воспитателем, старцем Анфимом, а в действительности желал узнать, есть ли у него шанс вернуть Иерусалимский престол. Но уже через неделю он под давлением архимандрита Порфирия (Успенского) и генконсула К.М. Базили был вынужден покинуть Иерусалим и вернуться в Сирию. В этот период Антиохийская церковь остро нуждалась в грамотном духовенстве. Но пока католические и протестантские иерархи возводили церкви и основывали монастыри, становившиеся впоследствии учебно-просветительными центрами, Иерофей медлил, хотя средства были ему предоставлены. Как известно из писем К.М. Базили от мая–июня 1852 г., Иерусалимский патриарх начал выдавать по 30 тыс. пиастров ежегодно на училища в Антиохийских епархиях, а по разрешению Святейшего Синода Русской церкви было доставлено более 4 тыс. рублей серебром – проценты с капитала, собранного Илиупольским митрополитом Неофитом. Патриарх был непопулярен у арабской паствы, с первых же месяцев обвинявшей его в пренебрежении к нуждам арабов, в аморальном поведении и присвоении русской милостыни, которая бесконтрольно использовалась им для личного обогащения. Последнего Иерофей не скрывал: по словам архимандрита Порфирия, в сентябре 1851 г. Иерофей ему «исповедался, что принял Антиохийский престол единственно в чаянии пособий из Москвы».