Иерофей, как считается, изначально не был сторонником наложения анафемы на болгар, однако уступил давлению националистической фанариотской среды. Единственным участником Собора, который не поддержал отлучение болгар, был Иерусалимский патриарх Кирилл II, который, в свою очередь, был за это низложен Святогробским братством в ноябре 1872 г. Русский посол в Константинополе граф Николай Павлович Игнатьев (1832–1908 гг.) советовал антиохийским арабам воспользоваться прецедентом для того, чтобы низложить Иерофея, голосовавшего на Соборе за объявление болгарской схизмы, и избрать патриархом этнического араба. Группа митрополитов-арабов действительно предприняла попытку низложить Иерофея, но османские власти этого не допустили. Русскому послу удалось добиться уступок со стороны Иерофея: патриарх пообещал выделить 21 тыс. рублей (менее 5% общей суммы бюджета) на поддержание арабских школ и церквей. В ответ на угрозу графа Н.П. Игнатьева, что впредь русская помощь Антиохийской церкви будет распределяться адресно через бейрутского генконсула, Иерофей, опасаясь потери доходов, согласился на создание Национальной комиссии из православных арабов, по крайней мере, контролирующей школьное образование. Этот шаг стимулировал развитие национального движения в арабо-православной среде. По сведениям секретаря Православного палестинского общества Василия Николаевича Хитрово (1834–1903 гг.), посетившего Ближний Восток в 1884 г., в Антиохийской церкви из восьми епископов шесть были арабы и только два титулярных – греки. В год смерти Иерофея (1885 г.) в Антиохийской церкви насчитывалось 321 храм, 17 монастырей, 75 школ. Из церквей только городские были относительно благоустроены и снабжены богослужебной утварью, остальные находились в крайней бедности и были лишены самого необходимого. Сельские школы оставались без материальных средств, хороших учителей, учебных пособий. На весь патриархат в Бейруте существовали единственная духовная школа, содержавшаяся на средства митрополита Гавриила, где обучались шесть учеников, и одна школа для православных девочек. Оценивая деятельность Иерофея в период его патриаршества, исследователи признают, что он не был ни богословом, ни выдающимся администратором. Назначение архиереев на вакантные кафедры производилось без какого-либо учёта нужд и проблем епархий. Полувековые усилия российских дипломатов (с 1833 до 1885 гг.) по продвижению и поддержке так называемого своего кандидата на Востоке не оправдались. Умело соблюдая интересы греческой иерархии и уходя от подозрений Порты по поводу его «русофилии», Иерофей незаметно для русских дипломатов и иерархов сдерживал финансируемые Россией образовательные программы и одновременно привлекал новые средства в казну патриархата. После избрания на Антиохийский престол Иерофей фактически заморозил все начинания русского правительства в интересах православного арабского населения. В большой церковно-дипломатической игре, которая долгие годы велась с целью усилить влияние России на Ближнем Востоке, российская сторона потерпела поражение. Активная помощь России арабскому населению в пределах Антиохийского патриархата смогла дать реальные результаты лишь после кончины Иерофея, когда инициатива перешла к Императорскому Палестинскому православному обществу, которое нашло поддержку у новых предстоятелей Антиохийской церкви. Скончался патриарх 25 марта 1885 г. в Дамаске.