На съезде князей во Франкфурте 11 ноября 1208 г. Оттон IV был признан всеми князьями как король, и папа пригласил его в Рим на коронацию. Церемония состоялась 4 октября 1209 г. Оттон IV оставил папе Сполето, Анкону и тосканские земли, дарованные графиней Матильдой, пообещал помогать в сицилийском вопросе, признал за папой неограниченную компетенцию в назначениях на духовные должности; он также отказался от доходов, получаемых со свободных епархий и конфискованных владений священников, умерших без завещания. Но, едва получив корону, коварный император тут же захватил не только Анкону, Тоскану и Сполето, но и другие папские владения, раздав их своим приближённым; вторгся также в Сицилию, чтобы прогнать юного Фридриха II. 18 ноября 1210 г. папа торжественно отлучил императора от церкви и объединился с французским королём Филиппом II Августом (1165–1223 гг.) из династии Капетингов. Многие немецкие князья тут же отвернулись от Оттона IV. На Нюрнбергском съезде в сентябре 1211 г. новым королём был избран Фридрих Сицилийский. Молодой король дал те же обещания, что и Оттон IV; кроме того, он пообещал никогда не присоединять Сицилийское королевство к империи. Он спешно повернул войско в Германию, но не нашёл практически никакой поддержки среди князей. Объединившись с английским королём Иоанном Безземельным (1199–1216 гг.) из династии Плантагенетов, напал на Францию, но 27 июля 1214 г. был разбит при Бувине. Через несколько лет Оттон IV умер, а Германия осталась в руках Фридриха II. Одновременно с германской проблемой Иннокентий III урегулировал вопросы во Франции и Англии. В январе 1198 г. легат Пьетро Капуанский под угрозой отлучения от церкви вынудил Иоанна Безземельного и Филиппа Августа подписать 5-летнее перемирие. В 1199 г. Иннокентий III наложил на всю Францию 9-месячный интердикт за то, что Филипп Август бросил законную жену Ингеборгу ради любовницы Агнессы. В 1205 г. возник конфликт в Англии по поводу избрания архиепископа Кентерберийского. Отказавшись от трёх тысяч марок за утверждения королевского кандидата, папа рекомендовал на кафедру ректора парижского университета Стивена Лэнгтона, который и был посвящён 17 июня 1207 г. в Витербо. Иоанн Безземельный воспротивился въезду Лэнгтона в Англию, настаивая на своём кандидате Джоне де Грее, и разорил многие монастыри, отказывавшиеся признать его. В 1208 г. Иннокентий III наложил на Англию интердикт, в 1209 г. отлучил Иоанна от церкви, а в 1212 г. формально объявил короля низложенным. Лишь отказавшись под угрозой французского вторжения, Иоанн Безземельный согласился признать архиепископа Лэнгтона. Более того, 13 мая 1313 г. он признал Англию папским лёном, пообещав ежегодно платить дань в размере 1 тыс. марок. 20 июля папа снял с короля наказание, а после того, как Иоанн вернул церкви конфискованные земли, 29 июня 1214 г. папа снял с Англии интердикт. Однако бароны были возмущены таким поступком короля и нарушением своих привилегий, вынудили Иоанна Безземельного подписать «Великую Хартию Вольностей», которая не была признана папой. Подобное же положение занимает папа по отношению к Петру Арагонскому и королю Леона Альфонсу X, добиваясь расторжения его брака с находившейся с ним в родстве Беренгарией.