В июне 1850 г. по удостоверению Синода Исаия был пожалован золотым наперсным крестом и награждён палицей, которую 21(12?) июня в козловском во имя Святой Троицы монастыре на него возложил Николай (Доброхотов). В марте 1851 г. Исаия был утверждён благочинным, ведавшим делами Санаксарского в честь Сретения Владимирской иконы Божьей Матери и Чернеевого монастырей, Вышенской в честь Успения Пресвятой Богородицы и Саровской пустыней, Темниковской и Кадомской общин (впоследствии темниковский в честь Рождества Пресвятой Богородицы и Кадомский монастыри). В 1853 г. Исайе (так же как и другим «видным лицам духовного звания») была объявлена «архипастырская признательность со внесением в послужной список». 26 августа 1856 г. за рачительное исполнение возложенных обязанностей, совмещённых с настоятельской должностью, Исайя был «всемилостивейшее пожалован» золотым наперсным крестом из Кабинета Его Императорского Величества. Ещё в 1850 г. Исайя изготовил для себя кипарисовый гроб. Предчувствуя скорую кончину, в августе 1856 г. Исайя испросил двухмесячный отпуск, чтобы попрощаться с родными братьями. 5 сентября того же года Исаия вместе с иеромонахом Авелем (Ванюковым) прибыл в Оптину пустынь. По словам оптинских старцев, «радостно и трогательно было свидание» Исаии с преподобным Антонием и преподобным Моисеем. Братья вместе отслужили литургии 8 сентября 1856 г., в день празднования Рождества Пресвятой Богородицы, и 14 сентября, в день празднования Воздвижения Креста Господня. Насельники с благоговением «смотрели на этот святолепный Собор духовных мужей». На следующий день Исаия отбыл в Калугу, а затем в Саровскую пустынь. С Великого четверга до Фоминой недели 1858 г. Исаия ежедневно совершал богослужения, простудился, заболел горячкой. 18 апреля 1858 г. Исаия был погребён на северной стороне алтаря Успенского собора. По завещанию Исаию (Путилова) похоронили рядом со строителем Исаией (Зубковым), т.к. «по любви к нему носил его имя, подражал жизни его, душами они жили нераздельно, теперь и тела их лежат рядом». В 1951 г. Успенский храм был взорван, захоронение Исаии, вероятно, утрачено. Исследователям известен гравированный портрет Исаии, помещённый, в частности, в третьем издании книги иеромонаха Авеля (Ванюкова) «Общежительная Саровская пустынь и достопамятные иноки, в ней подвизавшиеся» (М., 1865 г.). Исследователи полагают, что подобные портреты создавались после смерти настоятелей. Исаия представлен по пояс, вполоборота влево, в мантии и клобуке, на груди два креста (золотой и наградной), в правой руке – игуменский посох, на запястье левой – чётки. Лик сухощавый, длинные вьющиеся волосы лежат на плечах, борода разделена на две большие пряди. На основе этой гравюры для саровских изданий второй половины XIX в. были выполнены литографии, например, эстамп 1864 г. мастера А. Емельянова (Центральный музей имени Андрея Рублёва).