Исследователи полагают, что Исаия достаточно хорошо знал саровского подвижника, т.к. в декабре 1848 г. в письме иеромонаху Авелю (Ванюкову) изложил особенности его жизни на Дальней пустыньке, молитвенного правила и подвига столпничества. Когда в 1849 г. была опубликована книги «Сказание о подвигах и событиях жизни старца Серафима...» иеромонаха Иоасафа (Толстошеева Ивана Тихонова), Исаия отозвался о ней скептически: «Новаго творения Ивана Тихонова о чудесах Серафима я не видел ещё, да и не нахожу нужным видеть его, потому что жизнь праведного старца мне известна более, нежели Тихонову. Дивиться надо, как публика слепо верит новому Магомету». В марте 1842 г., после кончины игумена Нифонта (Черницына), Тамбовский епископ Николай (Доброхотов) прочил на пост настоятеля Саровской пустыни своего родственника иеромонаха Анастасия, но большая часть братии воспротивилась этому намерению. Поскольку представитель епархии протоиерей Иоанн Розанов задерживался с приездом в обитель из город Кадома, саровские насельники решили самостоятельно провести выборы нового строителя и 28 марта 1842 г. единогласно избрали на этот пост Исаию, а выборный лист отправили священноначалию на утверждение вместе с рапортом. Указом от 11 апреля того же года Исаия был утверждён в должности строителя. Но 16 мая настоятель Чернеева во имя Николая Чудотворца монастыря архимандрит Никон настоял на проведении дознания о нарушении саровскими монахами официального регламента, потребовав братскую ведомость и другие документы. Саровские старцы немедленно известили об этом архимандрита Троице-Сергиевой лавры преподобного Антония (Медведева), который ходатайствовал за них перед Московским митрополитом Филаретом (Дроздовым). Московский митрополит вместе с Киевским митрополитом Филаретом (Амфитеатровым) защитил саровских насельников. «Что мог я сделать к миру Саровской обители, то сделал, – писал святитель. – Сообщил всё нужное преосвященнейшему Киевскому, а он написал к преосвященнейшему Тамбовскому. Это в сем случае лучший путь дать движение полезной мысли. Предложить Синоду было бы не так в порядке, потому что Синод официально не знает о вакансии; притом она может быть уже занята епархиальным архиереем, по его праву, нежели Синод сделает распоряжение». Указом от 11 июля 1842 г. Исаия был вызван в Тамбов для официального поставления в строители пустыни, причём епископ Николай (Доброхотов) оказал ему «тёплый приём». Указом от 26 августа того же года дело об избрании настоятеля «вопреки предписанию» было прекращено. 15 августа 1846 г. Тамбовский епископ Николай (Доброхотов) возвёл Исаию в сан игумена. Преподобный Моисей (Путилов), поздравляя брата с избранием на должность строителя обители, напоминал ему об обязанностях начальника с кротостью и беспристрастием «носить немощи немощных».