По свидетельству монахов, в годы настоятельства Исаии «пустынь пользовалась таким спокойствием и согласием в братии, каких при других настоятелях не было», число насельников увеличилось до 300 человек. В то же время Исаия скорбел об «оскудении монашества» и о прекращении пустынножительства после кончины преподобного Серафима Саровского. После смерти отшельника иеродиакона Александра (1840 г.) ни игумен Нифонт (Черницын), ни Исаия никому не давали благословения на «пустынное житие, хотя и были желающие». Лишь бывшему насельнику Троице-Сергиевой лавры рясофорному послушнику Иоанну Короткову (ум. в конце 1849 г.) Исаия дозволил особый подвиг – затворничество в келье. В Саровской пустыни по инициативе Исаии были перестроены и благоукрашены в 1843–1846 гг. зимний храм в честь иконы Божьей Матери «Живоносный Источник» (установлено пять позолоченных глав вместо одной, поставлен новый иконостас, произведена роспись стен) и в 1848–1849 гг. Зосимо-Савватиевская больничная церковь, расширена ризница Успенского собора, построены купеческая гостиница (1847 г.) с 13 номерами, сушильный сарай для прачечной и кладовая за конным двором (1845 г.). В 1849 г. по инициативе Исаии и А.Н. Муравьёва собирались средства для постройки нового, каменного Преображенского храма около Тайной канцелярии – над местом упокоения иеросхимонаха Иоанна (Попова), основателя Саровской пустыни. Исаия был в числе первых жертвователей на храм. Исаия привёл в образцовый порядок архив и библиотеку пустыни. По его поручению рясофорный инок Иоанн (впоследствии иеромонах Иаков (Невельский; ум. в 1884 г.)) переписал монастырский устав и другие труды первоначальника иеросхимонаха Иоанна (Попова), с 1853 г. составлял опись архива и ризничного имущества. Также по благословению Исаии иеромонах Авель (Ванюков) начал собирать материалы к истории Саровской пустыни (М., 1853 г.). В течение многих лет Исаия вёл регулярные календарные заметки на чистых листах в 18 книгах-месяцесловах. В них строитель отмечал стихийные бедствия (половодья, пожары, температуру воздуха в пиковых значениях), разнообразные события из повседневной жизни монастыря (посещения архиереев, поступления и кончины насельников), ухудшение своего самочувствия и способы лечения. При Исаии в августе 1850 г. в Саровской пустыни был сильнейший пожар, сгорело больше четверти леса монастырской дачи, что существенно подорвало экономическое положение монастыря (лесопромышленность была одним из основных доходов). В декабре 1852 г. при поддержке митрополита Филарета (Дроздова) строитель добился разрешения Синода продать «обгорелый лес с тем, чтобы... деньги, по мере выручки, отсылаемы были в казённые кредитные заведения для приращения процентами». Горелый лес шёл на производство смолы и древесного угля, поэтому на территории монастырской дачи Исаия построил несколько смолокуренных заводов, сырья для которых хватило больше чем на 30 лет.