Исследователи полагают, что причины неприятия толкования Ираклеона Оригеном заключаются не только в ошибках Ираклеона, но и в том, что Ираклеон и Ориген использовали разные варианты евангельского текста. Примерно пятая часть  цитат в версии Ираклеона отличается от того текста, которым располагал Ориген, причём версия Ираклеона очень близка к тексту «Синайского кодекса», «Кодекса Безы» и в целом к «западной» традиции греческого текста и к некоторым старолатинским рукописям Нового Завета, тогда как Ориген использовал рукописи «александрийской» традиции. Заметным исследователи называют стремление Ираклеона согласовать свидетельства евангелистов-синоптиков и Иоанна. Он также активно применяет аллегорические толкования (Ориген укоряет его за чрезмерный отрыв от буквального смысла текста). Исследователи полагают, что одной из целей Ираклеона было опровержение учения Маркиона, поскольку Ираклеон стремился подчеркнуть тесную связь между Ветхим Заветом и Новым Заветом (например, по его словам, Иоанн Креститель – это голос Слова, в то время как ветхозаветные пророки – эхо Слова). Он также часто обращается к нумерологическим толкованиям, объясняя, например, почему Иерусалимский храм, согласно Ин. 2:20, строился именно 46 лет, почему у самарянки, согласно Ин. 4:18, было шесть мужей, почему исцеление отрока (Ин. 4:52) произошло именно в седьмом часу. По мнению исследователей, если считать выборку цитат из толкований Ираклеона у Оригена репрезентативной, Ираклеон не просто толковал Евангелие, но хотел найти в нём (как в авторитетном источнике) подтверждение своему учению и поэтому искажал первоначальный смысл евангельского текста. Так, слова в Ин. 1:3 о том, что всё сотворено Словом (Логосом), по его мнению, следовало относить только к видимому миру. В образе царедворца, о котором идёт речь в Ин. 4:46–53, Ираклеон видел Демиурга, в образах его слуг – ангелов, в образе сына царедворца – человека, который принадлежит Демиургу, т.е. психика. В образе самарянки, наоборот, сокрыт образ пневматика. Воду, которую она пила прежде, Ираклеон истолковывает как иудейскую веру. Муж же, которого она хотела позвать, – это небесный Жених из Плеромы. В Ин. 4:20 поклонение «на горе» означает поклонение язычников материальному миру или царству дьявола, а поклонение «в храме» – поклонение иудеев Демиургу. В Ин. 4:37 он видел указание на Сына человеческого, который «сеет», и Спасителя, который «жнёт». Тем не менее Ираклеон в ряде случаев избегал толкования в гностическом духе. Например, в окончании стиха Ин. 8:44, которое исследователи буквально переводят как «он [т.е. дьявол] есть лжец [как] и отец его», можно видеть параллель с учением о Демиурге как об отце дьявола. Ираклеон понимал этот стих лишь как указание на злую природу дьявола – «он лжец и отец лжи». В первой цитате из толкования Ираклеона у Климента Александрийского говорится о том, что значение имеет не только то исповедание веры, которое произносится вслух перед властями, но и внутреннее, т.е. жизнь по вере. При этом не сам человек исповедует веру во Христа перед гонителями, но Христос говорит через него, а это возможно только в том случае, если человек жил в соответствии со своим исповеданием. Хотя на основании этого толкования Ираклеона обвиняли в том, что он призывал уклоняться от мученичества, подобные рассуждения исследователи встречают у других христианских авторов. Исследователи полагают, что в основе суждения Ираклеона лежит античная (стоическая) идея о том, что философа должны узнавать не по его словам или внешнему виду, а по его внутреннему устроению.