Делались предположения о том, что Ираклеон является автором трактата «О трёх природах» («Tractatus tripartitus»), сохранившегося в «Кодексе Юнга». Однако эта гипотеза была отвергнута большинством учёных. Для Ираклеона исследователи считают весьма характерным представление о трёхчастном делении бытия. На высшем (духовном) уровне находится Высшее Существо Плерома, которая содержит эоны различного порядка, являющиеся её эманациями. На среднем уровне в качестве посредника между Богом и видимым миром располагается создавший видимый мир Демиург. Демиург также распоряжается низшей (животной) частью души после смерти человека, тогда как её высшая (небесная) часть возвращается в Плерому, откуда она ниспала в материальный мир. Наконец, на низшем уровне находится смертный материальный мир. Этот мир в конце веков будет разрушен. Однако из Плеромы вышел Спаситель, Который явился в этот мир, чтобы искупить то божественное в нём, что оказалось соединено с материей, и вернуть на небо в Плерому. Эта трёхчастность отражается и на антропологическом уровне: все люди, по учению Ираклеона, делятся на три категории – тех, кто враждуют против Бога и предопределены к погибели (язычников); тех, кто любят Бога и будут спасены (пневматиков, «духовных» христиан), и средних, тех, кто не враждебны Богу, но поклоняются Демиургу, пребывая в неведении (иудеев и психиков, «душевных» христиан). Поскольку в учении Ираклеона Демиург невраждебен Высшему Существу, то и поклоняющиеся ему имеют некоторую надежду на спасение. В целом гностическая система Ираклеона представляется исследователям менее разработанной, чем система Валентина и гностиков III в. В отличие от них Ираклеон не обращается к мифу о Софии и почти ничего не говорит об эонах. Хотя некоторые учёные пытались представить его последовательным валентинианином, не признающим таинств ортодоксальных христиан (считающим эти таинства богослужением психиков) и проповедующим гностические ритуалы, Ираклеона, по мнению исследователей, скорее можно отнести к интеллектуальному направлению в гностицизме, ориентированному на рецепцию античной философии и адаптацию её к христианскому учению. Ряд исследователей, указывая на то, что Ираклеон не использовал гностических апокрифических Евангелий, предполагают даже, что он был гораздо ближе к ортодоксальным авторам своего времени, чем к гностикам. Во всяком случае, во II в. учение Ираклеона (за исключением персонификации Демиурга) не выглядело крайней ересью. Исследователи не сомневаются, что Ираклеон в комментарии использовал весь арсенал современных ему приёмов филологической критики текста. Исследователи отмечают, что большое внимание в труде Ираклеона уделялось мельчайшим нюансам каждого евангельского стиха. Например, он подчёркивал, что Иисус «нисходил» в Капернаум и «восходил» в Иерусалим (Ин. 2:12–13), или что спасение «от» иудеев, а не «в» них (Ин. 4:22). Однако Ориген обвинял его в том, что он не всегда точен в такого рода толкованиях.